【原创】空间组学汇总

近几年，空间组学（Spatial omics）的热度与日俱增，具体可以提现在Nature杂志年度文章关注、国内外空间组学会议频率增加、新技术与新仪器应运而生、文章发表逐年递增等方面。

到底什么是空间组学？这个空间具体指的是什么的空间。Organ resolved? Tissue resolved? Cell type resolved? Organelle resolved? That's a question!

From 10x Genomics Video

空间组学与单细胞组学的区别，二者有重合的部分。但是空间组学，更加强调空间xyz的位置分布以及分析具有共同特点的一组生物体（组织形态相同或细胞类型相同），而单细胞蛋白质组学主要是细胞的分群分析。因此，本文将不单独探讨“单细胞组学”相关内容。

组学目前主要是基因组（Genomics）、转录组（Transcriptomics）、蛋白质组（Proteomics）与代谢组（Metabonoics）。其中，转录组发展目前最为迅猛，与之对应， 空间转录组学也有长足进步。

这四个层面的分子，各有特点。DNA/RNA具有可复制特点，可以利用该优势进行扩增，然后再分析。而蛋白与代谢物则难以/不能体外扩增，因此，对于微量样本的分析具有挑战性。蛋白质相比于其他几个类型的分子来说，其特点是相对稳定，以质谱为检测手段时，蛋白质大家检测受蛋白降解的影响小，因为惯用手段bottom-up方法是通过检测多肽片段来推断蛋白，因此只要片段存在，即有可能回溯。相比之下，核酸更容易降解，空气中酶的存在对核酸的干扰尤其严重。代谢物对环境因素也较为敏感，容易发生变化。

空间组学的样本制备，主要分为原位制备in situ和离线制备ex situ。

空间组学离不开技术的发展。

空间转录组

空间蛋白质组学主要是用于前端的依靠激光显微切割技术（LCM）及后端分析的MALDI质谱仪。

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