2021-03-12 各种网站汇集一下

1、DAVID 做基因转换、GO分析与KEGG分析与画图——https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp

操作参考b站

2、biomart 做基因id转换等，还有很多功能有待开发——http://www.biomart.org/notice.html

这个还有R包，安装代码

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))

  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("biomaRt")

3、g:Profiler 做ID转换（可以从蛋白ID到各种id），go画图——https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert

转换id直接粘贴上去就好了，到处csv用excel打开。

GO画图还没用过,应该和其他的也差不多。

参考https://www.jianshu.com/p/7744cdb445f6

4、Agrigo 针对植物农学的，做go与kegg ——http://systemsbiology.cau.edu.cn/agriGOv2/index.php

参考https://mp.weixin.qq.com/s/AqUJLeFn3m88TAcDYaCvAQ

5、metascape 基因/蛋白功能注释、富集分析在线工具详解——https://metascape.org/gp/index.html

参考https://mp.weixin.qq.com/s/i3dZutcOafMzfBB11qsBFQ

不过主要是人和鼠的，没有植物，我用不到。

6、bioDBnet 可以转化id注释等，有点慢——https://biodbnet.abcc.ncifcrf.gov/db/db2db.php

不晓得好不好用，太慢了。试了几个效果不是太好。可以蛋白到go、kegg等。

7、UniPort 自带的id转化工具——https://www.uniprot.org/uploadlists/

就挺一般的。

8、AgBase 直接 蛋白到GO注释——https://agbase.arizona.edu/

很棒，不过只能做蛋白go注释。

9、PlantGSEA 水稻基因id转化，LOC（MSU格式） to uniport，GO分析——http://structuralbiology.cau.edu.cn/PlantGSEA/analysis.php

参考GO富集分析（转载）

10、PANTHER 应该是GO官方出的做GO分析，支持直接用uniport蛋白ID做分析——http://pantherdb.org/

参考水稻GO和KEGG分析

11、RAP-DB 水稻常用网站，基因信息——https://rapdb.dna.affrc.go.jp/tools/converter

可以做基因ID转换，不过只是MSU与RAP格式。

12、KOBAS 做KEGG分析——http://kobas.cbi.pku.edu.cn/kobas3/genelist/

参考这里通路富集工具——KOBAS 3.0