- ggplot2 | GO barplot with gene list
biomooc
R高通量测序数据可视化
1.效果图2.代码数据是GO的输出结果,本文使用的是metascape输出的excel挑选的若干行。#1.读取数据dat=read.csv("E:\\research\\scPolyA-seq2\\GO-APA-Timepoint\\test.csv",sep="\t")head(dat)#2.选择所需要的列dat.use=dat[,c("LogQvalue","Description","Gro
- 从零开始掌握OpenAI的GPT-3 API:基础指南与实战示例
stjklkjhgffxw
gpt-3python
#从零开始掌握OpenAI的GPT-3API:基础指南与实战示例##引言在人工智能领域,OpenAI的GPT-3无疑是近年来最令人瞩目的技术突破之一。无论是用于生成自然语言文本、编写代码,还是提供智能对话服务,GPT-3都展示了其强大的能力。本篇文章旨在帮助初学者从零开始掌握GPT-3的API使用,了解其核心原理,并通过实战示例加深理解。##主要内容###1.什么是GPT-3?GPT-3(Gene
- 深入解析JVM字节码解释器执行流程(OpenJDK 17源码实现)
蚰蜒螟
jvmpython开发语言
一、核心流程概述JVM解释器的核心任务是将Java字节码逐条翻译为本地机器指令并执行。其执行流程可分为以下关键阶段:方法调用入口构建:生成栈帧、处理参数、同步锁等。字节码分派(Dispatch):根据字节码跳转到对应处理逻辑。操作数栈与局部变量管理:维护方法执行上下文。方法返回与栈帧销毁:处理返回值、恢复调用者栈帧。以下结合OpenJDK17源码详细分析各环节实现。二、方法调用入口构建1.gene
- GA遗传算法c语言,遗传算法GA(Genetic Algorithm)入门知识梳理
浅月与猫
GA遗传算法c语言
一、遗传算法进化论背景知识作为遗传算法生物背景的介绍,下面内容了解即可:种群(Population):生物的进化以群体的形式进行,这样的一个群体称为种群。个体:组成种群的单个生物。基因(Gene):一个遗传因子。染色体(Chromosome):包含一组的基因。生存竞争,适者生存:对环境适应度高的、牛B的个体参与繁殖的机会比较多,后代就会越来越多。适应度低的个体参与繁殖的机会比较少,后代就会越来越少
- scanpy处理:使用自定义 python 函数读取百迈客空间转录组数据(百创智造S1000)
生信碱移
python人工智能算法深度学习数据分析大数据经验分享
原本的版本用的怪怪的,定义了一个函数方便直接在解释器中使用。函数返回adata对象,示例代码如下:defread_bmk(input,input_png,library_id):importcv2importosadata=sc.read_10x_mtx(input,var_names='gene_symbols',cache=False)barcode_pos=pd.read_csv(os.pa
- 数据分析之药物-基因-代谢物
QFIUNE
生物信息学数据分析数据挖掘
记录一下最近的数据分析过程:假如我有一个Dataframe,有两列['Drug','Gene'],我想构造一个矩阵,行名为Drug,列名为Gene,值为0或者1,其中0表示药物的靶点是该基因,0表示不是靶点。(1)导入需要的包importpandasaspdimportnumpyasnpfromsklearn.metrics.pairwiseimportcosine_similarityfroms
- 如何在Windows 11 WSL2 Ubuntu 环境下安装和配置perf性能分析工具?
Lion 莱恩呀
windowsubuntulinuxperfc++运维服务器
在Windows11WSL2Ubuntu环境下完整安装和配置perf性能分析工具一、背景二、准备工作三、获取并编译Linux内核源码四、安装和配置perf五、测试perf六、总结一、背景由于WSL2使用的是微软定制的内核,并非标准的Ubuntu内核,因此直接使用apt安装linux-tools包会失败。sudoaptinstalllinux-tools-commonlinux-tools-gene
- Python调用Ollama实现本地应用接入DeepSeek模型对话
曲幽
AI编程入门计算机pythonollamadeepseekai
默认使用Ollama部署完AI大模型后,即可通过终端进行交互式对话,但如何与其他应用进行集成呢?比如给对话加个聊天窗口?使用Python即可轻松实现,话不多说,上实例!更多内容,可关注公众号“一名程序媛”,我们一起从0-1学编程1安装ollama模块完成上述功能,即是借助ollama在python下的模块实现,直接使用pip包管理器安装即可pipinstallollama2引入模块后,调用gene
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A尘埃
hutool工具验证码图片
图片验证码①、生成图片验证码@AutowiredprivateValidateCodeServicevalidateCodeService;@GetMapping(value="/generateValidateCode")publicResultgenerateValidateCode(){ValidateCodeVovalidateCodeVo=validateCodeService.gene
- UE4 C++与蓝图的继承问题
时空观察者9号
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C++写了一个类MyChar,并派生了一个蓝图子类BP_MyCharacter。//FilloutyourcopyrightnoticeintheDescriptionpageofProjectSettings.#pragmaonce#include"CoreMinimal.h"#include"GameFramework/Character.h"#include"MyCharacter.gene
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编程微刊
前端javascript开发语言
async/await和Generator函数都是JavaScript中处理异步编程的重要工具,但它们在语法、使用方式和背后的机制上存在显著差异。以下是它们之间的主要区别:一、基本概念1.Generator函数Generator函数是通过function*关键字定义的特殊函数,可以暂停和恢复执行。它们返回一个迭代器对象,通过调用.next()方法逐步执行函数中的代码。示例function*gene
- Ensembl ID转Gene Symbol
Red Red
生信小技巧r语言数据库
生物信息中EnsemblID转换为GeneSymbolTCGA数据库该方法比较简单,无需安装过多的包,因为安装了几个包显示和R版本不兼容,浪费很多时间,最后用这个包成功将Ensemble转换成IDR:#加载org.HS.eg.dblibrary(org.Hs.eg.db)#获取所有的ENSEMBLID到k中k=keys(org.Hs.eg.db,keytype="ENSEMBL")k#找到ENSE
- 生产环境WAS产生javacore、dmp、dump文件分析
bubble小拾
1024程序员节java运维
目录一、分析工具二、Java转储(Javadump)Java转储内容(Javadumpcontents)标题(TITLE)GP信息(GPINFO)环境信息(ENVINFO)本地内存信息(NATIVEMEMINFO)内存信息(MEMINFO)锁(LOCKS)线程(THREADS)钩子(HOOKS)共享类(SHAREDCLASSES)类(CLASSES)场景(Scenarios)一般保护故障(Gene
- 【单细胞第二节:单细胞示例数据分析-GSE218208】
遗落凡尘的萤火-生信小白
单细胞分析数据分析mysql数据库
GSE2182081.创建Seurat对象#untar(“GSE218208_RAW.tar”)rm(list=ls())a=data.table::fread("GSM6736629_10x-PBMC-1_ds0.1974_CountMatrix.tsv.gz",data.table=F)a[1:4,1:4]library(tidyverse)a$`alias:gene`=str_split(a
- GSEA - Gene set enrichment analysis 基因集富集 | ORA - Over-Representation Analysis 分析原理与应用...
weixin_30294709
python数据库人工智能
R批量做GSEA分析还没有官方的包,但是clusterprofiler可以做,它调用了最新的gfsea包。GeneSetTestingforRNA-seq-fgsea教程RNA-seq是利器,大部分做实验的老板手下都有大量转录组数据,所以RNA-seq的分析需求应该是很大的(大部分的生信从业人员应该都差不多要沾边吧)。普通的转录组套路并不多,差异表达基因、富集分析、WGCNAnetwork以及一些
- 神经网络入门推荐知识,神经网络入门书籍推荐
快乐的小肥熊
ai智能写作神经网络matlab人工智能python
适合初学者的神经网络和遗传算法资料遗传算法(GeneticAlgorithm)是模拟达尔文生物进化论的自然选择和遗传学机理的生物进化过程的计算模型,是一种通过模拟自然进化过程搜索最优解的方法。遗传算法是从代表问题可能潜在的解集的一个种群(population)开始的,而一个种群则由经过基因(gene)编码的一定数目的个体(individual)组成。每个个体实际上是染色体(chromosome)带
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生信小技巧学习笔记生物信息r语言GEO数据库数据库
GEO数据的下载和处理|GEO数据转换为Genesymbol|GEO注释文件提取symbol|查看样本标签|查看GEO数据疾病或正常|生物信息基础数据的下载和处理首先在GEO数据库中通过GSEID找到相关数据,然后下载txt文件。数据读取与处理。#设置工作路径,也就是你的分析数据存放以及要保存到地方setwd(dir="C:\\Users\\LiaoMinzhen\\PycharmProjects
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生物信息名词汇总|生物信息基础知识GWAS-Genome-wideassociationstudies,全基因组关联研究:用于识别遗传区域(基因组)和性状/疾病之间关联的方法。Predixcan:GWAS找到大量的SNP,可是可以解释生物学功能的SNP位点却是很有限的。gene-based关联分析软件——PredicXcan。PrediXcan包括两个步骤:-在具有可用基因型的队列中预测基因表达(
- ggplot2绘制环状聚类热图
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本文是要把昨天画的聚类热图给“掰弯”,gene<-read.csv(file="clipboard",header=T,sep="\t",check.names=F)#读入数据row.names(gene)<-letters#添加上基因名,如果直接有基因名,则省去这一步gg<-hclust(dist(gene))#行聚类zz<-hclust(dist(t(gene)))#列聚类gene<-gene
- PyCharm - Run & Debug 程序安全执行步骤
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PyCharmPyCharmRun程序安全执行步骤Debug程序安全执行步骤
PyCharm-Run&Debug程序安全执行步骤1.Run2.DebugReferences1.Runrightclick->Run‘simulation_data_gene…’orCtrl+Shift+F102.Debugrightclick->Debug‘simulation_data_gene…’在一个PyCharm工程下,存在多个Python脚本文件,为避免运行错误,建议按照上述Run&
- Unity网络编程(三)TCP 1VN聊天室 封包拆包
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在之前的基础上改成多人聊天服务器usingSystem;namespaceTalkRoomTCP{classProgram{staticvoidMain(string[]args){newTalkSever().Init();//接收一个键盘输入的字符,目的是不让命令行自动关闭Console.ReadKey();}}}usingSystem;usingSystem.Collections.Gene
- FLP-FRT系统--诱导性基因编辑inducible gene editing
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仍然还是那句话,如果想要快速学习一门新的技术,了解知识背景,看中文文章更好,如果有硕博士毕业论文那则是最佳。说到基因编辑技术,我一开始只知道(A)CRISPR/Cas9https://www.jianshu.com/p/b9d2a7203e6c在经过一系列挣扎之后,好不容易看懂了CRISPR/Cas9的原理,冷不丁冒出来一个(B)Cre/LoxP条件性敲除系统https://www.jianshu
- [学习笔记]TypeScript学习笔记
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- 基因的一大家子-Gene Family
刘小泽
刘小泽写于18.9.25今天接触到一个新名词——基因家族分析,不搜不知道,一搜吓一跳。2018年关于基因家族分析的文章已经超过了180篇,并且门槛不高,甚至用公共数据库就能做。什么是基因家族?想想我们人的家族,肯定是一大家子,一个共同的祖先的后代。尽管子子孙孙长相各异,但是血缘关系维持着我们的亲疏远近基因家族,当然也是来源一个祖先,经过基因重复和突变而产生的一组具有序列结构与功能相似性的基因,它们
- Seurat4.0 系列教程1 分析流程
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Seurat4.0几何学
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- GSVA全名Gene set variation analysis(基因集变异分析)简介
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GSVA全名Genesetvariationanalysis(基因集变异分析),是一种非参数,无监督的算法。与GSEA不同,GSVA不需要预先对样本进行分组,可以计算每个样本中特定基因集的富集分数。换而言之,GSVA转化了基因表达数据,从单个基因作为特征的表达矩阵,转化为特定基因集作为特征的表达矩阵。GSVA对基因富集结果进行了量化,可以更方便地进行后续统计分析。如果用limma包做差异表达分析可
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李老师RNA-seqPRC1.6-Gene和PRC1.6-Repeat数据分析读取要处理的文件library(ggplot2)library(VennDiagram)file.listlog2FoldChange_cutoff,ifelse(DEG$log2FoldChange>log2FoldChange_cutoff,'UP','DOWN'),'NOT'))#this_tilelog2Fold
- 遗传算法 (Genetic Algorithm, GA) 详解与实现
安替-AnTi
机器学习GA遗传算法
文章目录基本思想基本概念基本操作算法基本步骤代码实现参考文献基本思想遗传算法(GeneticAlgorithm,GA)是一种进化算法,其基本原理是仿效生物界中的“物竞天择、适者生存”的演化法则,它最初由美国Michigan大学的J.Holland教授于1967年提出。遗传算法是从代表问题可能潜在的解集的一个种群(population)开始的,而一个种群则由经过基因(gene)编码的一定数目的个体(
- 一、单词篇——01人体
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一、人体组织1、cell:细胞2、chromosome:染色体3、gene:基因4、tissue:组织5、organ:器官6、bloodvessel:血管7、artery:动脉8、vein:静脉二、面部1、head:头2、hair:头发3、brain:大脑4、cerebraldeath:脑死亡5、forehead:额头=brow6、wrinkles:皱纹=lines7、eyebrow:眉毛8、ey
- 基本数据类型和引用类型的初始值
3213213333332132
java基础
package com.array;
/**
* @Description 测试初始值
* @author FuJianyong
* 2015-1-22上午10:31:53
*/
public class ArrayTest {
ArrayTest at;
String str;
byte bt;
short s;
int i;
long
- 摘抄笔记--《编写高质量代码:改善Java程序的151个建议》
白糖_
高质量代码
记得3年前刚到公司,同桌同事见我无事可做就借我看《编写高质量代码:改善Java程序的151个建议》这本书,当时看了几页没上心就没研究了。到上个月在公司偶然看到,于是乎又找来看看,我的天,真是非常多的干货,对于我这种静不下心的人真是帮助莫大呀。
看完整本书,也记了不少笔记
- 【备忘】Django 常用命令及最佳实践
dongwei_6688
django
注意:本文基于 Django 1.8.2 版本
生成数据库迁移脚本(python 脚本)
python manage.py makemigrations polls
说明:polls 是你的应用名字,运行该命令时需要根据你的应用名字进行调整
查看该次迁移需要执行的 SQL 语句(只查看语句,并不应用到数据库上):
python manage.p
- 阶乘算法之一N! 末尾有多少个零
周凡杨
java算法阶乘面试效率
&n
- spring注入servlet
g21121
Spring注入
传统的配置方法是无法将bean或属性直接注入到servlet中的,配置代理servlet亦比较麻烦,这里其实有比较简单的方法,其实就是在servlet的init()方法中加入要注入的内容:
ServletContext application = getServletContext();
WebApplicationContext wac = WebApplicationContextUtil
- Jenkins 命令行操作说明文档
510888780
centos
假设Jenkins的URL为http://22.11.140.38:9080/jenkins/
基本的格式为
java
基本的格式为
java -jar jenkins-cli.jar [-s JENKINS_URL] command [options][args]
下面具体介绍各个命令的作用及基本使用方法
1. &nb
- UnicodeBlock检测中文用法
布衣凌宇
UnicodeBlock
/** * 判断输入的是汉字 */ public static boolean isChinese(char c) { Character.UnicodeBlock ub = Character.UnicodeBlock.of(c);
- java下实现调用oracle的存储过程和函数
aijuans
javaorale
1.创建表:STOCK_PRICES
2.插入测试数据:
3.建立一个返回游标:
PKG_PUB_UTILS
4.创建和存储过程:P_GET_PRICE
5.创建函数:
6.JAVA调用存储过程返回结果集
JDBCoracle10G_INVO
- Velocity Toolbox
antlove
模板toolboxvelocity
velocity.VelocityUtil
package velocity;
import org.apache.velocity.Template;
import org.apache.velocity.app.Velocity;
import org.apache.velocity.app.VelocityEngine;
import org.apache.velocity.c
- JAVA正则表达式匹配基础
百合不是茶
java正则表达式的匹配
正则表达式;提高程序的性能,简化代码,提高代码的可读性,简化对字符串的操作
正则表达式的用途;
字符串的匹配
字符串的分割
字符串的查找
字符串的替换
正则表达式的验证语法
[a] //[]表示这个字符只出现一次 ,[a] 表示a只出现一
- 是否使用EL表达式的配置
bijian1013
jspweb.xmlELEasyTemplate
今天在开发过程中发现一个细节问题,由于前端采用EasyTemplate模板方法实现数据展示,但老是不能正常显示出来。后来发现竟是EL将我的EasyTemplate的${...}解释执行了,导致我的模板不能正常展示后台数据。
网
- 精通Oracle10编程SQL(1-3)PLSQL基础
bijian1013
oracle数据库plsql
--只包含执行部分的PL/SQL块
--set serveroutput off
begin
dbms_output.put_line('Hello,everyone!');
end;
select * from emp;
--包含定义部分和执行部分的PL/SQL块
declare
v_ename varchar2(5);
begin
select
- 【Nginx三】Nginx作为反向代理服务器
bit1129
nginx
Nginx一个常用的功能是作为代理服务器。代理服务器通常完成如下的功能:
接受客户端请求
将请求转发给被代理的服务器
从被代理的服务器获得响应结果
把响应结果返回给客户端
实例
本文把Nginx配置成一个简单的代理服务器
对于静态的html和图片,直接从Nginx获取
对于动态的页面,例如JSP或者Servlet,Nginx则将请求转发给Res
- Plugin execution not covered by lifecycle configuration: org.apache.maven.plugin
blackproof
maven报错
转:http://stackoverflow.com/questions/6352208/how-to-solve-plugin-execution-not-covered-by-lifecycle-configuration-for-sprin
maven报错:
Plugin execution not covered by lifecycle configuration:
- 发布docker程序到marathon
ronin47
docker 发布应用
1 发布docker程序到marathon 1.1 搭建私有docker registry 1.1.1 安装docker regisry
docker pull docker-registry
docker run -t -p 5000:5000 docker-registry
下载docker镜像并发布到私有registry
docker pull consol/tomcat-8.0
- java-57-用两个栈实现队列&&用两个队列实现一个栈
bylijinnan
java
import java.util.ArrayList;
import java.util.List;
import java.util.Stack;
/*
* Q 57 用两个栈实现队列
*/
public class QueueImplementByTwoStacks {
private Stack<Integer> stack1;
pr
- Nginx配置性能优化
cfyme
nginx
转载地址:http://blog.csdn.net/xifeijian/article/details/20956605
大多数的Nginx安装指南告诉你如下基础知识——通过apt-get安装,修改这里或那里的几行配置,好了,你已经有了一个Web服务器了。而且,在大多数情况下,一个常规安装的nginx对你的网站来说已经能很好地工作了。然而,如果你真的想挤压出Nginx的性能,你必
- [JAVA图形图像]JAVA体系需要稳扎稳打,逐步推进图像图形处理技术
comsci
java
对图形图像进行精确处理,需要大量的数学工具,即使是从底层硬件模拟层开始设计,也离不开大量的数学工具包,因为我认为,JAVA语言体系在图形图像处理模块上面的研发工作,需要从开发一些基础的,类似实时数学函数构造器和解析器的软件包入手,而不是急于利用第三方代码工具来实现一个不严格的图形图像处理软件......
&nb
- MonkeyRunner的使用
dai_lm
androidMonkeyRunner
要使用MonkeyRunner,就要学习使用Python,哎
先抄一段官方doc里的代码
作用是启动一个程序(应该是启动程序默认的Activity),然后按MENU键,并截屏
# Imports the monkeyrunner modules used by this program
from com.android.monkeyrunner import MonkeyRun
- Hadoop-- 海量文件的分布式计算处理方案
datamachine
mapreducehadoop分布式计算
csdn的一个关于hadoop的分布式处理方案,存档。
原帖:http://blog.csdn.net/calvinxiu/article/details/1506112。
Hadoop 是Google MapReduce的一个Java实现。MapReduce是一种简化的分布式编程模式,让程序自动分布到一个由普通机器组成的超大集群上并发执行。就如同ja
- 以資料庫驗證登入
dcj3sjt126com
yii
以資料庫驗證登入
由於 Yii 內定的原始框架程式, 採用綁定在UserIdentity.php 的 demo 與 admin 帳號密碼: public function authenticate() { $users=array( &nbs
- github做webhooks:[2]php版本自动触发更新
dcj3sjt126com
githubgitwebhooks
上次已经说过了如何在github控制面板做查看url的返回信息了。这次就到了直接贴钩子代码的时候了。
工具/原料
git
github
方法/步骤
在github的setting里面的webhooks里把我们的url地址填进去。
钩子更新的代码如下: error_reportin
- Eos开发常用表达式
蕃薯耀
Eos开发Eos入门Eos开发常用表达式
Eos开发常用表达式
>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>
蕃薯耀 2014年8月18日 15:03:35 星期一
&
- SpringSecurity3.X--SpEL 表达式
hanqunfeng
SpringSecurity
使用 Spring 表达式语言配置访问控制,要实现这一功能的直接方式是在<http>配置元素上添加 use-expressions 属性:
<http auto-config="true" use-expressions="true">
这样就会在投票器中自动增加一个投票器:org.springframework
- Redis vs Memcache
IXHONG
redis
1. Redis中,并不是所有的数据都一直存储在内存中的,这是和Memcached相比一个最大的区别。
2. Redis不仅仅支持简单的k/v类型的数据,同时还提供list,set,hash等数据结构的存储。
3. Redis支持数据的备份,即master-slave模式的数据备份。
4. Redis支持数据的持久化,可以将内存中的数据保持在磁盘中,重启的时候可以再次加载进行使用。
Red
- Python - 装饰器使用过程中的误区解读
kvhur
JavaScriptjqueryhtml5css
大家都知道装饰器是一个很著名的设计模式,经常被用于AOP(面向切面编程)的场景,较为经典的有插入日志,性能测试,事务处理,Web权限校验, Cache等。
原文链接:http://www.gbtags.com/gb/share/5563.htm
Python语言本身提供了装饰器语法(@),典型的装饰器实现如下:
@function_wrapper
de
- 架构师之mybatis-----update 带case when 针对多种情况更新
nannan408
case when
1.前言.
如题.
2. 代码.
<update id="batchUpdate" parameterType="java.util.List">
<foreach collection="list" item="list" index=&
- Algorithm算法视频教程
栏目记者
Algorithm算法
课程:Algorithm算法视频教程
百度网盘下载地址: http://pan.baidu.com/s/1qWFjjQW 密码: 2mji
程序写的好不好,还得看算法屌不屌!Algorithm算法博大精深。
一、课程内容:
课时1、算法的基本概念 + Sequential search
课时2、Binary search
课时3、Hash table
课时4、Algor
- C语言算法之冒泡排序
qiufeihu
c算法
任意输入10个数字由小到大进行排序。
代码:
#include <stdio.h>
int main()
{
int i,j,t,a[11]; /*定义变量及数组为基本类型*/
for(i = 1;i < 11;i++){
scanf("%d",&a[i]); /*从键盘中输入10个数*/
}
for
- JSP异常处理
wyzuomumu
Webjsp
1.在可能发生异常的网页中通过指令将HTTP请求转发给另一个专门处理异常的网页中:
<%@ page errorPage="errors.jsp"%>
2.在处理异常的网页中做如下声明:
errors.jsp:
<%@ page isErrorPage="true"%>,这样设置完后就可以在网页中直接访问exc