函数和R包

函数

（1）形式参数与实际参数

（2）写函数的函数

• 圆括号里是形式参数，及设定的默认值
• 大括号里是jimmy函数的具体公式

  

• 举例

  

（3）默认参数

复习

• 绘图函数plot（）

• • 数值型向量，以x的小标为横坐标，以x的数据为纵轴

    

  • 分别画iris里1，2，3，4列的数据

    

  • 以第5列提供的种类画出不同颜色

    

  • 写一个函数简化重复修改列数画4张图

    

• 当一个代码需要复制粘贴三次，就应该写成函数或使用循环

R包

1.R包是什么

• R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例
• 也有的R包只有数据，没有函数
• 包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。

2.为什么要安装R包？

• • 特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。
  • 例如：作图包ggplot2，差异分析包limma等等。

• 目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律

3.R包来源(3种）

#(1)CRAN网站(https://cran.r-project.org/web/views/)          
install.packages()
install.packages("string")

#(2)Bioconductor(https://bioconductor.org/)   
#旧代码   BiocInstaller::biocLite()
BiocManager::install()
BiocManager::install("ggplot2")

#(3)github,()内写作者用户名+包名
devtools::install_github()
devtools::install_github("jmzeng1314/AnnoProbe")

  #网络问题经常导致github访问不了，可选择本地安装
  devtools::install_local("AnnoProbe-master.zip,upgrade=F)

CRAN、Bioconductor的R包本地安装方式 (一般除了很大的包，否则这两个网站不需本地安装）

不知道从哪里来的：搜一搜

安装后需要加载（加不加引号都可以）

library()
library(stringr)
require()
require(stringr)

4.（国内）R包安装前需设置镜像

R和Bioconductor主网站位于国外，选择国内的镜像可加快访问速度

镜像网站相当于主网站的副本，访问主网站存在障碍时，访问镜像网站也可以

国内镜像推荐

清华镜像（tuna,Beijing) The Comprehensive R Archive Network

Index of /bioconductor/ | 清华大学开源软件镜像站 | Tsinghua Open Source Mirror

中科大镜像（utst，Hefei）The Comprehensive R Archive Network

Index of /bioc/

方法一：tools-global option-packages

方法二：代码设置

options("repos"=c(CRAN="http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") 

5.R包安装和使用逻辑

（1）安装包→加载包→使用包里的函数

（2）已安装、不加载，快速使用

BiocManager::install()
dplyr::filter()

6.常见问题

（1）大片提示信息

（2）package not available

R语言版本99%的情况下没有问题，但它总是无辜被怀疑

(3)是否更新

• • n不行就a,千万不要s
  • 不回答就一直问。。。。

    

• 学R语言要高冷，能no就no，no不行再yes；
• 学linux要听话，让你yes你就yes

（4）加载A包，报错B包不存在

问是否更新的，“不存在”的是依赖包

依赖包的版本不够新

更新一个包：

• 重新安装，
• 或先删除再重新安装（session需重启）

更新所有的包： update.packages()

（5）报错中有connection或url、404、http

options(download.file.method='libcurl')
options(url.method='libcurl')

• 校园网限制：换个网，手机热点
• 镜像：没设置？镜像崩了？
• 大胆假设，小心求证，试错几乎没有成本

满分操作：判断式安装

if(!require(string))install.packages("strings") #如果stringr这个包已经存在，就不安装；没安装就安装一下

• 问题：成功的

  

如果实在不行就把英文的报错复制在必应或google上搜索解决办法

7.R包的使用场景

• 某流程代码中用到某些包
• 学绘图，用到ggplot2
• 别人的代码套子集的数据，报错不会改
• 大多数包里的函数规律一致，不需要单独学习，用到哪个函数学哪个函数
• 少部分包里的函数自有语法，例如ggplot2,dplpr等

8.R包如何使用--获取R包帮助

（1）快速查看函数帮助文档

• ?sd
• help('sd')

（2）找R包介绍页面（直接搜）

（3）Vignettes：browseVignettes("stringr")

（4）少数R包有cheatsheets

RStudio Cheatsheets - RStudio

补充：列出一个包里都有那些函数或数据

ls("package:stringr")

R语言里的符号

; #把多句代码写在同一行（R语言是逐行跑代码的）

认清函数和数据

函数（括号前）

形式参数（函数中可省略的）

实际参数（括号内的）

数据框或矩阵： [,]取子集

列表 ：eset [[]]取子集

文件名（以字符串形式出现，并且只能以能够识别字符型参数的函数的参数出现）

包 ：library里