Ubuntu18.04下Cmakes升级、ITK安装、Root安装、gate安装过程记录
可以先升级一下自己的Cmake,因为后面安装gate时会要求Cmake不低于多少版本，gate9.1好像说不低于cmake11。对，还有就是如果是虚拟机安装，可以在geant4安好后拍一个快照，以便后面安装不成功还回得来。如果gate要是安好了，就再拍一个快照，这样比较好。
可以先安geant4,去下面说的地方学习怎么安装。
cmake升级
一、查看当前cmake的版本
cmake --version
二、从网址上获得cmake3.12.2的压缩包
wget https://cmake.org/files/v3.12/cmake-3.12.2-Linux-x86_64.tar.gz
三、解压第二步下载的压缩包
tar zxvf cmake-3.12.2-Linux-x86_64.tar.gz
四、移动解压后的文件到opt目录下
mv cmake-3.12.2-Linux-x86_64 /opt/cmake-3.12.2
五、创建软连接
ln -s [源文件] [软链接文件] //保持源文件和目标文件同步变化
sudo ln -sf /opt/cmake-3.12.2/bin/* /usr/bin/
cmake --version这个过程来源于https://www.linuxidc.com/Linux/2018-09/154165.htm，是根据这个教程的安装记录，但是本次安装记录里没有删除已安装的旧版本。
后来去是的时候，他还是用的旧版本的编译，用以下命令删除：
sudo rm -rf /usr/bin/cmake然后重新建立一下链接
sudo ln -sf /opt/cmake-3.12.2/bin/* /usr/bin/应该就可以了。
其实在安装之前需要先安装很多依赖，我也是跟着别人的教程复制的，不知道具体的参考依赖从哪里来的，不同的系统需要不同的依赖。
sudo apt install htop apt-transport-https ca-certificates curl software-properties-common vtk7 vtkdata vtk7-examples vtk7-doc libvtk7-qt-dev python3-pip socket libtbb-dev octave cmake-curses-gui
sudo apt-get install git dpkg-dev cmake g++ gcc binutils libx11-dev libxpm-dev libxft-dev libxext-dev gfortran libssl-dev libpcre3-dev xlibmesa-glu-dev libglew1.5-dev libftgl-dev libmysqlclient-dev libfftw3-dev libcfitsio-dev graphviz-dev libavahi-compat-libdnssd-dev libldap2-dev python-dev libxml2-dev libkrb5-dev libgsl0-dev libxmu-devLinux安装ITK5.1.1
一、下载ITK安装包
下载 https://github.com/InsightSoftwareConsortium/ITK/releases/download/v5.1.1/InsightToolkit-5.1.1.zip
二、解压
unzip InsightToolkit-5.1.1.zip
三、进入解压后的文件，创建一个bin文件
cd InsightToolkit-5.1.1
mkdir bin
cd bin
四、ccmake
下面这句命令是在Youtube上面视频上的，但是我输入后出现一个警告。警告说换用一下Module_ITKReview去打开Review module。
ccmake -DITK_USE_REVIEW=ON ..
然后按q退出，重新输入一下命令：
ccmake Module_ITKReview=ON .. //好像是这个，有点忘了，不行试一下下面这个
ccmake -DModule_ITKReview=ON ..
需要的enter键换成ON ，（我的是安装gate配置的），然后按c进行配置，再按c，到出现g的时候再按g，正常就会自动弹出这个界面。
五、编译安装
make -jN
这个过程可能会比较长，耐心等待。
sudo make installGeant4安装可以去
去群里进行学习。B站也有群主教授的安装视频
Linux安装Root6.22.02
一、下载安装包
https://root.cern/releases/release-62202/
二、解压
tar -zxvf root_v6.22.02.source.tar.gz三、创建 build和install文件夹
四、进入build文件夹编译安装
cmake -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/home/geant4/gate/root/root-6.22.02-install -DGEANT4_USE_OPENGL_X11=ON -DGEANT4_BUILD_MULTITHREADED=ON /home/geant4/gate/root/root-6.22.02这段代码别直接复制，看清楚自己的地址是什么，改成自己的地址。
make -jN
sudo all install五、添加环境变量
cd ~
gedit ./.bashrc
source /home/geant4/gate/root/root-v6.22.02-build/bin/thisroot.sh要找到自己build目录下的thisroot.sh的文件添加
六、验证
cd root/bin
./root结果出现welcome to.......就证明安装成功了
root其实有两种安装方式，一种是源码安装，需要自己编译，另一种是预编译安装（这种会简单一点），上面说的是源码安装，不知道预编译安装适不适合后面gate的安装。
gate9.1安装
一、下载
www.opengatecollaboration.org
download选择源码下载
二、解压
可以在windows下解压拖到虚拟机里，也可以直接Linux下解压
unzip Gate-9.1三、创建两个文件夹
mkdir gate-build
mkdir gate-install
cd gate-build
四、编译安装
cmake ../Gate-9.0ccmake进行配置
ccmake ../Gate-9.0
参考了Gate仿真配置安装--Linux系统_Magician0619的博客-CSDN博客 这篇文章。但是我这里没有出现GATE_DOWNLOAD_BENCHMARKS_DATE这个选项，不知道哪里有问题。。。。
后来发现好像是gate9.1和gate9.0有一点区别，没有benchmarks这个文件夹。但是这个文件夹后面发现很重要，里面是相关的一些PET,SPECT的例子。
make -jN
sudo make install -jN
五、添加gate的环境变量
打开下面的文件夹：
cd ~
gedit ./.bashrc 添加gate-install目录下的bin文件在最后一行
export PATH=/home/geant4/gate/gate-v9/gate-install/bin:$PATH
可以在总的gate文件夹下建立一个auto.bashrc文件（非必须）
gedit auto.bashrc
记录一下所添加的环境变量
source /opt/geant4/bin/geant4.sh
source /home/geant4/gate/root/root-6.22.02-build/bin/thisroot.sh
export PATH=/home/geant4/gate/gate-v9/gate-install/bin:$PATH
export PATH=/home/geant4/gate/ITK/InsightToolkit-5.1.1/bin/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/home/geant4/gate/ITK/InsightToolkit-5.1.1/bin/bin:$LD_LIBRARY_PAT
六、检测安装
进入gate下的gate-install目录下的bin目录，输入
./Gate运行这个二进制文件
进入最开始压缩包解压后的文件夹Gate-9.1
9.1没有benchmarks文件夹，我从9.0版本里复制过来一个。自己感觉下9.0版本可能会好点。
进入benchmarks文件夹
选择一个例子进行运行
比如benchPET
可以打开看一下benchPET.mac文件，是这个例子所包含的命令集，visu.mac是可视化命令。
以下是benchPET.mac的文件内容。
#/vis/disable
/control/execute visu.mac
/gate/geometry/setMaterialDatabase ../../GateMaterials.db
# W O R L D
/gate/world/geometry/setXLength 150. cm
/gate/world/geometry/setYLength 150. cm
/gate/world/geometry/setZLength 150. cm
/control/execute camera.mac
/control/execute phantom.mac
/control/execute physics.mac
# I N I T I A L I Z E
/gate/run/initialize
/control/execute digitizer.mac
# S O U R C E
/control/execute sources.mac
# V E R B O S I T Y
#/gate/verbose Physic 0
#/gate/verbose Cuts 0
#/gate/verbose Actor 0
#/gate/verbose SD 0
#/gate/verbose Actions 0
#/gate/verbose Step 0
#/gate/verbose Error 0
#/gate/verbose Warning 0
#/gate/verbose Output 0
#/gate/verbose Core 0
/run/verbose 0
/event/verbose 0
/tracking/verbose 0
# O U T P U T
/gate/output/root/enable
/gate/output/root/setFileName benchmarkPET
/gate/output/root/setRootHitFlag 0
/gate/output/root/setRootSinglesFlag 1
/gate/output/root/setRootCoincidencesFlag 1
/gate/output/root/setRootdelayFlag 1
# R A N D O M
# JamesRandom Ranlux64 MersenneTwister
/gate/random/setEngineName MersenneTwister
#/gate/random/setEngineSeed default
#/gate/random/setEngineSeed auto
/gate/random/setEngineSeed 123456789
#/gate/random/resetEngineFrom fileName
/gate/random/verbose 1
# S T A R T
/gate/application/setTimeSlice 120. s
/gate/application/setTimeStart 0. s
/gate/application/setTimeStop 240. s
/gate/application/startDAQ先修改一下，第一行和第二行的注释换一下，换成上面那样。
然后当前目录打开终端，输入
Gate benchPET.mac运行
参考了Youtube视频：https://www.youtube.com/watch?v=mwc8MNjP8pU&t=806s
CSDN文章：Gate仿真配置安装--Linux系统_Magician0619的博客-CSDN博客
CSDN文章：Geant4及GATE安装过程记录_董煎饼的沙滩-CSDN博客_geant4安装