全长转录本SSR预测

SSR-简单重复序列预测（MISA）

MISA是使用 perl 编写的一支程序，能识别出序列中的微卫星和复合微卫星（两个微卫星之间由由不多于100bp的碱基对隔开），并给出其所在位点

按照前人的经验，他们给出的下载地址为（http://pgrc.ipk-gatersleben.de/misa/misa.html）
点击 Download Sourcecode
上传至服务器
运行前将misa.ini与fasta文件放在一个目录，输入的序列存在fasta文件里面，然后运行下面的命令

perl misa.pl sample0.fasta

结果只生成一个sample0.fasta.statistics文件，这是个含有SSR统计信息的文件，里面有各种SSR类型的数量分布
但我并没有得到sample0.fasta.misa这个文件，网络上也无相关回答。

这时候直觉告诉我是perl脚本的问题，于是我找到了misa软件的github源代码
网址

• 下载

cd ~/soft
git clone https://github.com/cfljam/SSR_marker_design.git
#或者下载到本地，再上传至服务器解压

• 同样运行下面的命令

cp ~/soft/misa/misa.ini ./
perl ~/soft/misa/misa.pl sample0.fasta

• 运行成功

(base) [jychu@localhost SSR]$ tree
.
├── misa.ini
├── sample0.fasta
├── sample0.fasta.misa
└── sample0.fasta.statistics

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