blast命令

蛋白质序列比对蛋白质数据库（blastp）
blastp -query seq.fast -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_des
criptions 10 -num_threads 8

核酸序列比对核算数据库（blastn）
blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

核酸序列比对蛋白质数据库（blastx）
blastx -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8

参数：
-query： 输入文件路径及文件名
-out：输出文件路径及文件名
-db：格式化了的数据库路径及数据库名
-outfmt：输出文件格式，总共有12种格式，6是tabular格式对应BLAST的m8格式
-evalue：设置输出结果的e-value值
-num_descriptions：tabular格式输出结果的条数
-num_threads：线程数

创建索引数据库
makeblastdb -in mouse.faa -dbtype nucl -input_type fasta -out dna

参数：
-in: 输入数据库文件
-dbtype:数据库类型 如果是蛋白质数据库则 nucl改为 prot
-out: 索引数据库名称

创建索引文件
dustmasker -in Nuc.fasta -infmt fasta -parse_seqids -outfmt maskinfo_asn1_bin -out Nuc_all.asnb
参数：
in:输入数据库文件
-infmt:输入文件的格式
-parse_seqids:解析序列的id，这个只需要提供参数，不要提供文件名
-outfmt:输出文件的格式，直接填写即可maskinfo_asnl_bin即可。
out：输出文件的文件名（索引文件名）。

创建数据库
makeblastdb -in Nuc.fasta -input_type fasta -dbtype nucl -parse_seqids -mask_data NucDatsBase.asnb -out Nuc_all
参数：
in:原本我们数据库的文件
input_type:输入文件的格式，很明显，我这里是fasta格式