R语言作图——Bubble matrix

原创：黄小仙

又是一个好久不见，朋友们你们最近还好吗！最近小仙同学刚经历了人生中的一个重要的里程碑——延毕。在预料之中、又如期而至的两个字，小仙心里也是很复杂，可终究跟“毕业”二字沾了边，就当它是好事啦！

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今天要给大家介绍的是气泡矩阵图，要模仿的图形如下。小仙同学一直有一个困惑：什么样的数据应该画什么类型的图，才能精确地展示数据表达出自己的意思？
对于气泡矩阵图，小仙有同样的困惑。研究了一下，也只能理解个大概，暂且认为就是坐标轴相同的两种数据集可以用一张气泡矩阵图来展示，气泡的大小和颜色可呈现两种不同的信息。

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Step1. 绘图数据的准备
首先要把你想要绘图的数据调整成R语言可以识别的格式，建议大家在excel中保存成csv格式。

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Step2. 绘图数据的读取

data<-read.csv(“your file path”, header = T)
#注释：header=T表示数据中的第一行是列名，如果没有列名就用header=F

Step3.绘图所需package的安装、调用

library(reshape2)
library(ggplot2)                          
#注释：package使用之前需要调用

Step4.绘图

data_melt<-melt (data)
names(data_melt) = c('Gene', 'Cell', 'Value')
#注释：melt()函数把表格中的宽数据变成长数据
p<-ggplot(data_melt, aes(x = Gene, y = Cell, size = Value, color=Cell)) + geom_point()

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Step5.美化

p<-ggplot(data_melt, aes(x = Gene, y = Cell, size = Value, color=Cell)) + geom_point()+
  theme(panel.background = element_blank(),
        panel.grid.major = element_line(colour = "gray"),
        panel.border = element_rect(colour="black",fill=NA))

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(公众号：生信了)