hifiasm软件安装与使用

HiFi测序以及hifiasm软件的使用，目前是市场上二倍体动植物基因组组装的最佳选择，没有之一，多倍体目前也是最佳选择,也正因为HiFi跟hifiasm软件，使得动植物基因组组装变得简单了很多，组装质量提高了很多。

1、安装，官网下载源代码包hifiasm官网，目前用的新版本，v0.16.0

cd hifiasm && make  #hifiasm安装非常简单，只需要到代码包里make就好

2、常用参数 ，hifiasm常用参数有-l和-n参数，
-l：0-没有对组装去冗余，组装结果包括全部组装出来的contig，可能包含多个单倍体基因组；2/3，会对组装出来的基因组进行去冗余，对于二倍体，得到的结果基本上是全基因组一半的大小，小编用的多的是 -l 2
-n一般给3或者4，默认3，表示组装的contig中,unitigs支持大于3或4才保留，该参数会将支持度比较低的contig去掉
其他参数：hifiasm -h
hifiasm软件使用
(1)市场上绝大多数二倍体基因组，只需要组装2n中的n，所以参数一般给 -l 2 -n 4:

hifiasm -o test.asm -t 16 -l 2 -n 4 HiFi-reads.fa.gz 2> test.assemble.log  #-t16为16线程，test.ccs.fa.gz为处理好的ccs数据，可为fasta或者fastq，用法很简单

(2)对于二倍体，结合HiC数据拆单倍体组装，注：听该软件作者讲座了解到，HiC数据拆单倍体成功率还是挺高的，相对也比较准确，所以如果做了HiC数据，建议用该方法尝试组装：

hifiasm -o HiC.asm -t 16 --h1 read1.fq.gz --h2 read2.fq.gz HiFi-reads.fa.gz 2> HiC.assemble.log

(3)多倍体组装，如果是异源多倍体，可以当做二倍体进行组装，用以上方法即可。如果是同源多倍体，可以先尝试-l 2参数，如果结果不好，尤其是比较复杂的同源多倍体，小编建议，使用-l 0参数进行组装，然后使用HiC数据进行挂载后，通过HiC互作信号，进行染色体拆分，如果深度足够，可以得到所有的单倍体，如果深度不够，拆分出其中的一半：

hifiasm --primary -o test.asm -t 16 -l 0 -n 3 HiFi-reads.fa.gz 2>test.assemble.log

以上是个人对hifiasm软件的理解，若有错误，辛苦指正