KEGG报错--No gene can be mapped

找到的相关链接处理办法如下：

https://mp.weixin.qq.com/s/q2Mwrnaov4xBahaJQPGY-w

报错过程：

首先，我们知道进行KEGG分析之前需要转换基因名（SYMBOL->ENTREZ），更改后的基因部分如下所示：

（以上可以排除基因不存在的错误因素）

出现错误

KEGG.res <- enrichKEGG(gene=sig.genes.id, organism='hsa')
--> No gene can be mapped....
--> Expected input gene ID:
--> return NULL...
NULL

究其原因

1. 网络问题，可以等待之后再试一下（试过不是）

2. 版本问题，重新安装一下clusterProfiler包

packageVersion('clusterProfiler')
[1] ‘4.2.0’

解决办法

重新安装R包

devtools::install_github("YuLab-SMU/clusterProfiler")
# 可能会报错说确实其他的包（因为我 不允许其更新其他的包），优先选择更新所有

conda install -c conda-forge r-data.table
conda install -c conda-forge python-igraph

devtools::install_github("YuLab-SMU/clusterProfiler",force = TRUE)
packageVersion('clusterProfiler')
[1] ‘4.7.1.3’

成功