转录组分析Day2笔记--xiaofan1991

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一、 linux基础知识复习

1. 输入pwd

/home/u2754

2. 输入ls和ls的加强版ls -lrt --color=auto

total 0

3. cd是切换目录，cd -是切换到刚才的目录，cd ..是切换到上一级目录
4. mkdir是创建目录，输入mkdir $(date +%F)，生成以当前时期命名的目录

2019-06-04

5. rmdir删除空目录，如果有多个空目录，使用find. -type d -empty -print |xargs rmdir
6. rm删除文件或目录，rm -r 表示递归删除
7. touch新建一个文件

touch mytest.txt

8. mv重命名文件或者目录；移动A文件到B目录下

mv mytest.txt mytest1991.txt
mv mytest.txt fanfan

9.cat重定向输出文本，就是替换文本中原来的内容

cat mytest.txt
空的
cat >mytest.txt
复制粘贴、或输入替换进去的内容
Enter切换到下一行，Ctrl+C
I love bioinformatics!
Dou and Hua
若预先不存在mytest.txt这个文件，会自动创建

10. less -SN表示的形式加上制表符和行号
11. head -n表示查看文件头n行；tail -n表示查看文件尾n行
12. wc -l计算文件有多少行
13. |管道操作，前面的输出作为后面的输入，cat test.txt | wc -l
14. xargs将之前的管道操作逐项操作
15. 同时创建多层目录，只需要加上参数-p

mkdir -p tmp/1/2/3/4/5
tree

image.png

16. 向目录5下创建xi.txt，并向其中输入Hello world, Welcome to bioinfoplanet, Nice to see you。

cd tmp/1/2/3/4/5
cat >xi.txt

image.png

17. 在tmp/下创建 1~5这5个文件夹，然后每个文件夹下面继续创建 1~5这5个文件夹

mkdir -p {1,2,3,4,5}/{1,2,3,4,5}

image.png

18. 想在17的每个目录中都放进去一个文件xi.txt

没弄出来

19. 下载http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed

wget -c http://www.biotrainee.com/jmzeng/igv/test.bed
wc -l test.bed
10 test.bed
grep -rn "H3K4me3" test.bed
8:chr1  9810    10438   ID=SRX387603;Name=H3K4me3%20(@%20HMLE);Title=GSM1280527:%20HMLE%20Twist3D%20H3K4me3%20rep2%3B%20Homo%20sapiens%3B%20ChIP-Seq;Cell%20group=Breast;
source_name=HMLE_Twist3D_H3K4me3;cell%20type=human%20mammary%20epithelial%20cells;transfected%20with=Twist1;culture%20type=sphere;chip%20antibody=H3K4me3;chip%20antibody%20vendor=Millipore;  222 .   9810    10438   0,226,255
显示比较混乱
less -SN test.bed
      1 track name="His (@ Brs) 50" url="http://chip-atlas.org/view?id=$$" gffTags="on"
      2 chr1    9769    10673   ID=SRX539644;Name=H3K27ac%20(@%20HMEC);Title=GSM1383853:%20HMEC%20H3K27ac%20ChIP-Seq%3B%20
      3 chr1    9776    10481   ID=SRX387611;Name=H3K27me3%20(@%20HMLE);Title=GSM1280524:%20HMLE%20Twist3D%20H3K27me3%20re
      4 chr1    9788    10497   ID=SRX539646;Name=H3K4me1%20(@%20HMEC);Title=GSM1383855:%20HMEC%20H3K4me1%20ChIP-Seq%3B%20
      5 chr1    9795    10434   ID=SRX387610;Name=H3%20(@%20HMLE);Title=GSM1280523:%20HMLE%20Twist2D%20H3%3B%20Homo%20sapi
      6 chr1    9799    10446   ID=SRX1795468;Name=H3K27ac%20(@%20MCF-7);Title=GSM2175788:%20H3K27Ac%20ChIP-seq%20MCF7%2BE
      7 chr1    9805    10419   ID=SRX1795465;Name=H3K27ac%20(@%20MCF-7);Title=GSM2175785:%20H3K27Ac%20ChIP-seq%20MCF7%2BE
      8 chr1    9810    10438   ID=SRX387603;Name=H3K4me3%20(@%20HMLE);Title=GSM1280527:%20HMLE%20Twist3D%20H3K4me3%20rep2
      9 chr1    9811    10465   ID=SRX539650;Name=H3K27ac%20(@%20MCF-7);Title=GSM1383859:%20MCF7%20H3K27ac%20ChIP-Seq%3B%2
     10 chr1    9825    10306   ID=SRX1115312;Name=H3K27ac%20(@%20MCF%2010A);Title=GSM1829629:%20H3K27Ac%20ChIPSeq%3B%20Ho
test.bed (END)
按q退出

20. 下载

wget -c http://www.biotrainee.com/jmzeng/rmDuplicate.zip
unzip rmDuplicate.zip
cd rmDuplicate
tree

image.png

二、vim编辑器的使用

1. 使用vi file对文件进行操作

vi mytest.txt
默认进入命令模式 command mode
输入i进入insert mode
在左下角会多一个-- INSERT --
按ESC再退回命令模式
1.命令模式退出要注意
:x或者:wq 都是保存并退出
:q! 不保存强制退出
:w new_file 另存为新文件
在命令模式下注意，按u撤销
2.按ESC确保进入命令模式的前提下，输入:w进入末行模式，即在左下角最后一行出现文件名

image.png

image.png

三、linux文本处理三剑客

先下载数据 wget http://molb7621.github.io/workshop/_downloads/SP1.fq
统计行数 wc -l SP1.fq  
统计fq序列数 wc -l SP1.fq | awk '{print $1/4}'
1.得到行号 awk '{print NR}' SP1.fq
2.利用BEGIN处理4行
awk 'BEGIN {print 1%4}'
awk 'BEGIN {print 2%4}'
awk 'BEGIN {print 3%4}'
awk 'BEGIN {print 4%4}'
3.根据条件判断取出相应的行
awk 'NR % 4 == 1' SP1.fq
4.利用管道符方便操作
awk 'NR % 4 ==2' SP1.fq | sort | uniq -c  | wc -l

感觉还有很多没弄明白，明天答辩完再弄吧