anndata 数据格式(h5ad 后缀)

h5ad文件

h5ad文件提供了一种可扩展的方式来记录数据及其注释 (annotation)。单细胞测序的h5ad被分割成X, obs, var, uns等多个部分，分别存储不同的信息。
其中X是表达量矩阵；
obs包含细胞元数据，即从不同方向描述细胞的结果，例如细胞所属tissue；
var包含基因元数据，即从不同方向描述基因的结果，X, obs, var均以dataframe格式存储；
uns是非结构化注释，更多解释可查询h5ad(AnnData)。

h5ad文件需满足的要求

1. X是矩阵数据（通常是原始或经过normalization的数据）
2. 至少一种降维方式（例如 tSNE, UMAP）的结果
3. 每个细胞需要一个唯一的标识符
4. 每个基因需要一个唯一的标识符

数据格式

(1)这是之前的数据格式
https://scvelo.readthedocs.io/getting_started/

anndata_0.jpg

(2) 最新的数据格式做了扩增
https://anndata.readthedocs.io/en/latest/

anndata_1.jpg

数据格式说明及API: https://anndata.readthedocs.io/en/stable/generated/anndata.AnnData.html#anndata.AnnData

loom 文件

也是类似的结构
https://github.com/basilkhuder/Seurat-to-RNA-Velocity