磁共振实验数据SPM8处理流程（待续）

刚刚接触SPM，写一下学习笔记。。。

SPM，即统计参数图，也是这个软件的最终输出，它是由英国伦敦大学的Friston教授等人在通用数学软件包Matlab基础上开发的软件系统，其统计功能非常强大，设计这个软件包的初衷是采用统计的方法来处理fMRI，PET和SPECT的数据。用SPM进行数据处理分析过程主要分为两大部分：预处理过程和统计分析过程。

运行环境：Matlab 2009a

先写一下SPM8的安装：有必要说一下SPM实际不是一个独立的软件，它相当于一个用Matlab程序编写的工具箱，必须依赖Matlab的环境完成其功能。言归正传，首先将下载好的SPM8程序包导入Matlab，复制整个spm8文件夹到MATLAB的安装路径：MATLAB\R2009a\toolbox\下。然后运行Matlab，在其主窗口选择File->set path->Add with Subfolders->spm8->save->close。设置完成后在Matlab中执行命令>>spm fmri。这样出现了spm8的操作界面（如下图），这也表示spm8安装成功！

我们称左上侧的窗口为按钮窗口(button window)，左下侧的窗口为输入窗口(input window)，右侧大窗口为树形结构窗口或图形窗口(Tree Building Window or the graphics window)。

一、数据准备

为方便后续的数据处理，如果数据分散处理后整合，建议所有处理数据路径保持一致，要统一路径。如原始DICOM图像放在rawdata文件夹中，data文件夹存放转换后的功能像，data3D文件夹中存放转换后的结构像。处理前首先要采用数据转换软件将dicom数据转换成SPM解析格式，转换时格式请选择NIfTI，可用SPM输入面板中的DiCOMImport模块转换，也可以采用专门的转换软件，如MRIcovert。然后进行数据预处理，预处理结束后到matlab安装目录中备份spm*.ps文件，其中包含了空间校正和标准化的信息，然后进行建模分析。

转换后data文件夹中会有多个.img（图像数据）和.hdr（矩阵数据）；data3D文件夹中只有一个.img和.hdr文件。

二、数据处理流程

1、Slice Timing时间层校正

Slice Timimg用来校正1个volume中层与层之间获取(采集)时间的差异，对事件相关设计的实验尤为重要。我们在按钮窗口中的预处理面板中点击“Slice Timimg”，将出现一个对话框，修改其中参数：

Data：New：Session

Session：选择你要处理的数据，如文件夹data中的所有数据

Number of Slices：我们输入每祯图像的层数，如“32”（可以在spm8->Display->data：.img->done->Dimensions:64*64*32中查看）

TR：我们输入重复时间，一般为2秒，我们输入“2”

TA：是每祯图像获取第一层开始到获取最后一层图像的时间间隔，TR-TR/nslice，可直接输入公式，如我们输入“2-2/32”

Slice order：我们输入“1:2:31  2:2:32”（图像是隔层扫描所得到的）。指定层获取顺序的层次序参数是一个含N个数的向量，这里N是每个volume所含的层数。每一个数表示该层在图像(volume)中的位置。向量内的数字排列顺序是这些层的获取时间顺序。如行向量[1 3 5 7 9 11 13 15 17 19 21 23 25 24 6 8 10 12 14 16 18 20 22 24](在Matlab中可表示为[1:2:25,2:2:25])

Reference Slice：我们输入“31”。选择参考层，通常选择nslice/2，如25层时选择13层作为参考层。

Filename Prefix：是指新生成的图像前加何标记，一般采用默认设置。默认为a

最后点击面板上方的向右的绿色三角即开始运行。运行完后将会生成一系列a*.img文件，这就是时间校准后的数据。

注意：很多研究者容易将时间校准和空间校准顺序颠倒，一般的观点是如果图像获取是隔层（interleaved）进行的，如1、3、5、7、9、2、4、6、8、10，则要先进行slice timing再进行realign，如果图像各层是连续(sequential)获取的，如1、2、3、4、5、6、7、8、9、10，则要先进行realign再做slice timing。

先写到这吧。。。