用R做GO功能注释和KEGG通路富集分析

KEGG -GO主要是使用R 中clusterProfiler包进行富集分析  以及使用pathview 包进行代谢途径整合和可视化。

进行在线分析的：https://pathways.embl.de/

1.代码：https://github.com/Cassiel60/R/blob/master/enrichment.r

2.安装包：使用代码中的方法要多尝试几次，反正我第一次安装时就是安装了很久。详细：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html  

3.gene.list 是一列包含基因和标题的文件

data <- read.table("gene.list",header=TRUE)

4.GO、KEGG富集分析-DAVID与KOBAS在线分析工具，虽然在线分析有基因个数的限制，但是下载到本地进行，KOBAS的下载需要很多配置软件，一个个安装需要很多时间，所以使用R包进行分析就方便很多。

DAVID:也可以做GO与KEGG富集分析，但是 KOBAS画出的图更好看，但KOBAS不支持直接输入gene symbol ，所以我们常常联合使用DAVID和KOBAS。

5. GO_BP,GO_CC,GO_MF ：Gene Ontology 数据库注释库，GO是基因本体学注释，包括了基因的生物学过程（Biological Process,BP）,细胞组分(Cellular Component，CC)和分子功能(Molecular Function，MF)的注释，给出变异位点所在蛋白质或者基因参与的生物学通路名称。

6.KEGG_PATHWAY:全基因组及代谢途径数据库注释，给出变异位点所在基因参与的代谢通路名称。