ggplot

跟着Nature学作图:R语言ggplot2堆积柱形图完整示例

论文Aglobalreptileassessmenthighlightssharedconservationneedsoftetrapodshttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04664-7#Sec33数据代码链接https://github.com/j-marin/Global-reptile-assessment-今天的推文学习一下推文中的Fi
小明的数据分析笔记本·2023-11-04 13:29

ggplot 修改坐标轴名称

添加xlab、ylab添加labs在标度处（如scale_x_continus）修改来源：https://zhuanlan.zhihu.com/p/92473504library（ggplot2）library
基督徒Isaac·2023-11-04 10:46

ggplot画 ump 和tsne 从seurat中使用addmodule得到的umap 使用ggplot画图

ggplot画ump和tsne从seurat中使用addmodule得到的umap使用ggplot画图subset_datainflammatory_gene=read.xlsx(“G:/silicosis
生信小博士·2023-11-03 01:15

ggplot画梯度颜色图 不同颜色 对seurat的细胞类型进行inflammatory 炎症打分 addmodule

ggplot画梯度颜色图不同颜色对seurat的细胞类型进行inflammatory炎症打分addmodule炎症基因从https://www.gsea-msigdb.org/gsea/msigdb/genesets.jsp
生信小博士·2023-11-03 01:15

6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色 自定义更改显示的颜色 seurat得到的单细胞数据

6_ggplot可视化addmodule得到的炎症评分自己选择颜色ggplot自定义更改显示的颜色library(Hmisc)library(patchwork)library(ggplot2)library
生信小博士·2023-11-03 01:15

利用 ggplot2 绘制 Seurat 对象中的 tSNE 或 UMAP 图

Seurat软件自带的绘图函数DimPlot虽然也提供了一些参数来供我们调整图形，但有时仍然有些你希望的功能不太容易实现，比如将细胞聚类分成三组，每一组是一种颜色，利用DimPlot就不容易实现（步骤比较繁琐：需要给细胞的meta.data增加额外的分组标识列，然后用group.by参数来为不同的分组上色）。一种更灵活的方法是把tSNE或者UMAP降维的信息从seurat对象中提取出来，并利用gg
klcola·2023-11-03 01:40

get colors from seurat dimplot 获取ggplot对象的颜色

seuratcolorpalette·Issue#257·satijalab/seurat·GitHubHowtopulltheexactlistofcolorsusedinDimPlot?·Issue#2366·satijalab/seurat·GitHubp<-DimPlot(fibroblast,label=TRUE)#GeneratethetSNEplot,butsaveitasanobj
生信小博士·2023-11-03 00:05

ggplot2绘图-1：柱形图

data<-read.table("R7111114.TRB.clones.txt",header=T,row.names=1,sep="\t")pdf("top10cdr3aa.pdf")p=ggplot
bio_橡树·2023-11-02 08:17

R可视化——ggplot2包扩展包ggprism介绍

    今天给大家介绍一个ggplot2包的扩展包——ggprism包，结合该包可绘制GraphPadprism风格样式图形，具体效果我们看图说话！
科研那点事儿·2023-11-02 07:03

python可视化利器：pyecharts

前言前面我们提及ggplot在R和Python中都是数据可视化的利器，在机器学习和数据分析领域得到了广泛的应用。
TOMOCAT·2023-11-02 00:57

跟着Nature学数据分析：R语言vegan包做主坐标分析（PCoA）并使用ggplot2可视化结果

论文是EnvironmentalfactorsshapingthegutmicrobiomeinaDutchpopulation数据和代码的github主页链接https://github.com/GRONINGEN-MICROBIOME-CENTRE/DMP这个也是数据代码的下载链接，可以看目录结构https://zenodo.org/record/5910709#.YmAcp4VBzic论文没
小明的数据分析笔记本·2023-11-01 23:47

ggplot2绘制多层注释散点图

欢迎关注R语言数据分析指南本节复现一张图原图如下所示；此图的绘制倒也不难,可以看作为基础散点图+折线图，难点也许在于上方方块的绘制，但是如果熟悉ggplot2中的几何对象倒也很容易找到思路；下面小编就来仔细写一下绘图过程
R语言数据分析指南·2023-11-01 19:22

答读者问~R语言ggplot2添加拟合曲线并给指定点添加注释

image.png昨天收到了公众号一位读者的邮件，今天的推文回答一下开头提到的问题。还是使用昨天推文的示例数据：3个品种小麦种子的7个不同的指标，这7个指标分别是A面积B周长C紧凑度LK长度WK宽度A_coef偏度系数LKG腹沟长度使用周长和面积构建拟合方程首先是读入数据seed<-read.csv("kaggle/Seed_Data.csv",header=T)names(seed)<-c("A
小明的数据分析笔记本·2023-11-01 13:03

【R画图学习2.2】火山图-ggplot篇

上篇测试了如何用plot来实现火山图，其实通常还是强大的ggplot包实现更好。还是用上一篇的测试数据。
jjjscuedu·2023-11-01 07:15

2020-07-14

目前为止的代码：importmatplotlib.pyplotaspltfrommatplotlibimportstylestyle.use('ggplot')importnumpyasnpX=np.array
数据小黑升值记·2023-10-31 12:03

scale函数（一）

近期给自己一点时间学习ggplot2,除了思想，具体的操作也得熟悉，本次就从scale函数学。
鱼啸九天·2023-10-30 19:31

R语言绘图-5-条形图（修改坐标轴以及图例等）

0.说明：1.绘制条形图；2.添加文本并调整位置；3.调整x轴刻度的字体、角度及颜色；4.在导出pdf时，如果没有字体，该怎么解决问题；1.结果：2.代码：library(ggplot2)library
@ZyuanZhang·2023-10-30 19:44

R 数据可视化 —— 绘制多个 Y 轴（补充）

对于下面两张图colors3&&offset%%2==0){g1%ggplot
名本无名·2023-10-30 17:30

pathway富集图2 pathway_bubble_color.r

library(ggplot2)pathway=read.table("C://Users//Desktop//path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep="\t"
小灰灰want_to_fly·2023-10-30 06:55

R 数据可视化 —— ggpol

前言ggpol是ggplot2的一个扩展包，添加了一些图形。主要可以绘制parliamentdiagrams（议会图），也可以方便的绘制金字塔图，以及箱线图和散点图的混合等。
名本无名·2023-10-30 05:19

ggplot

library(ggplot2)ggplot(data=mtcars,aes(x=wt,y=mpg))+#设定数据来源和x、y变量geom_point()+#创建散点图labs(title="AutomobileData
七白七白七七白·2023-10-30 00:14

R语言绘制柱状图，饼图，直方图，箱型图，散点图以及使用ggplot2

@[toc]自己构造两份简单的文件test1.csvcareer,age,height,weightdoctor,32,170,110director,24,164,99teacher,43,156,110actor,22,177,93cook,44,166,140test2.csvcareer,gender,age,height,weightdoctor,f,32,170,110doctor,f
Cache_wood·2023-10-29 20:19

ggplot2绘制KEGG富集散点图

散点图是KEGG富集分析结果的图形化展示方式。在此图中，KEGG富集程度通过richfactor,qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。其中richfactor指差异表达的基因中位于该pathway条目的基因数目与所有有注释基因中位于该pathway条目的基因总数的比值。Richfactor越大，表示富集的程度越大。qvalue是做过多重假设检验校正之后的pvalue,qvalue的取值范
Seurat_Satija·2023-10-29 18:57

ggplot2图例设置

ggplot2对图例的设置主要为guides()功能下的guide_colorbar()和guide_legend()两个函数：guide_colorbar()函数内部函数参数：参数详解：默认参数作图：
护旗小能手·2023-10-28 21:36

记录Centos安装R语言环境，使用Rmd生成html

yuminstallepel-releaseyuminstallR安装后验证：输入R，如图代表成功安装rmarkdown基础环境包install.packages(“rmarkdown”)install.packages(“ggplot2
柏伦 Belen·2023-10-28 20:19

Coding-and-Paper-Letter（十八）

Coding:1.利用ggplot2做轨迹方向可视化，从仓库名称看，应该是某次组会的报告。
G小调的Qing歌·2023-10-28 13:52

跟着Nature学作图：R语言ggplot2箱线图/散点图完整示例

论文Graphpangenomecapturesmissingheritabilityandempowerstomatobreedinghttps://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9#MOESM8没有找到论文里的作图的代码，但是找到了部分做图数据，我们可以用论文中提供的原始数据模仿出论文中的图今天的推文重复一下论文中的Figure4dFigur
小明的数据分析笔记本·2023-10-27 16:10

跟着Environmental Research学作图：R语言ggplot2堆积柱形图叠加折线图（1）

论文是Globalburdenoflungcancerattributabletoambientfineparticulatematterpollutionin204countriesandterritories,1990–2019image.png一位公众号读者留言问到下图的实现方法image.png这个图涉及到3个知识点一个是堆积柱形图一个是两条折线图之间填充颜色还有一个是双坐标轴的实现办法这
小明的数据分析笔记本·2023-10-26 18:32

8、科研作图之直方图详解——ggplot2

data.frame(sex=factor(rep(c("F","M"),each=200)),height=c(rnorm(200,170),rnorm(200,165)))head(df)基础语法p=ggplot
做不了杜甫·2023-10-26 07:43

7、科研作图之箱型图详解——ggplot2

二、基本语法1、单组数据library(ggplot2)p=ggplot(ToothGrowt
做不了杜甫·2023-10-26 07:12

R Language Learn Notes

One#installpackageinstall.packages("ggplot2")#loadlibrarylibrary(ggplot2)#update.packages()#vectorv=c
weixin_34211761·2023-10-26 05:00

Plotting PCA

/ggfortify/vignettes/plot_pca.html>install.packages("ggfortify")>library（“ggfortify"){ggfortify}let{ggplot2
董建梅·2023-10-25 20:43

数据可视化需要学习哪些知识

可视化工具：掌握至少一种常用的可视化工具，如Excel、Python的Matplotlib、Seaborn库、R语言的ggplot2库、Tableau等
优游的鱼·2023-10-25 09:55

学习笔记15 python绘图进阶（一个失败的学习方案）

箱线图#-*-coding:utf-8-*-importnumpyasnpimportmatplotlib.pyplotaspltplt.style.use('ggplot')N=500normal=np.random.normal
Maxwellyoung Goodman·2023-10-24 22:49

【R语言】箱线图统计检验线段长度

rm(list=ls())data("iris")library(ggplot2)library(ggsignif)library(ggsci)comp_list=list(c('setosa','versicolor
研究僧小蓝哥·2023-10-24 17:57

R语言分组箱线图添加显著性标记简单小例子

stat_compare_means()首先是做箱线图和小提琴图的代码读入数据df<-read.csv("boxplot_example_1.csv",header=T)head(df)作图library(ggplot2
小明的数据分析笔记本·2023-10-24 09:53

跟着Nature Communications学作图：R语言ggplot2散点组合误差线展示响应比（Response ratio）

论文Meta-analysisoftheimpactsofglobalchangefactorsonsoilmicrobialdiversityandfunctionalityhttps://www.nature.com/articles/s41467-020-16881-7#Sec15论文里提供了数据和代码，很好的学习素材这篇论文是公众号的一位读者留言，说这篇论文提供了数据和代码，但是代码比较长
凉亭下·2023-10-24 07:19

跟着NatureMetabolism学作图：R语言ggplot2转录组差异表达火山图

论文Independentphenotypicplasticityaxesdefinedistinctobesitysub-typeshttps://www.nature.com/articles/s42255-022-00629-2#Sec15s42255-022-00629-2.pdf论文中没有公开代码，但是所有作图数据都公开了，我们可以试着用论文中提供的数据模仿论文中的图今天的推文重复一下论
凉亭下·2023-10-24 06:42

ggplot 拼图

R|ggplot2拼图——patchwork尘世中一个迷途小书僮关注22019.11.2313:53:08字数813阅读4,991在Y叔公号（biobabble）看到cowplot乃旧爱，patchwork
ChrisJO·2023-10-24 06:04

ggplot批量绘制小提琴图并添加趋势连线

今天要学做的是一篇发表在《Nature》上的图片，用小提琴图展示基因表达变化，特点是小提琴图+箱线图+折线图，前两者比较容易实现，最后一个可能比较费劲，最后还是利用循环批量作图。这里我们提供两种做法。图片来源image.png（Reference：BianZ,GongY,HuangT,etal.Decipheringhumanmacrophagedevelopmentatsingle-cellre
KS科研分享与服务·2023-10-23 13:58

在R语言的数据可视化工具ggplot2中，我们经常需要为图像添加标题，并且有时候我们希望将标题放置在图像内部的特定位置

在R语言的数据可视化工具ggplot2中，我们经常需要为图像添加标题，并且有时候我们希望将标题放置在图像内部的特定位置。
DarcyCode·2023-10-23 08:10

[24] 《R数据科学》EDA缺失值

将带有可疑值的行全部丢弃：library(dplyr)library(ggplot2)diamonds2%filter(between(y,3,20))但并不建议采用这种方式，因为一个无效测量不代表所有测量都是无效的
灰常不错·2023-10-23 08:56

【细胞通讯】PlantPhoneDB（2）

====安装====首先需要安装相关的依赖包：install.packages(c("devtools","Seurat","tidyverse","ggplot2","ggsci","pheatmap
jjjscuedu·2023-10-23 05:35

跟着Cell学作图：R语言ggplot2作图展示差异表达的基因

一组对照加处理这种实验的差异表达分析结果通常是用火山图来展示，如果是很多组实验的话如何展示，这种情况我之前还没有遇到过。公众号后台有读者留言问到了如下的图image.png这个图来自于论文ASpatiotemporalOrgan-WideGeneExpressionandCellAtlasoftheDevelopingHumanHeart本地pdfPIIS0092867419312826.pdf他
小明的数据分析笔记本·2023-10-23 04:58

【R语言】--- graphics包的barplot()函数绘制柱状图

在R语言中，有很多包可绘制柱状图，比如graphics包barplot()函数和ggplot2包geom_bar()函数。本文介绍graphics包的barplot()函数绘制柱状图。
XXX美琳·2023-10-22 01:17

R语言学习笔记--利用R绘制T–S diagram

#先加载包library(testthat);library(gsw);library(oce)library(ggplot2);library(stringr);libra
逍遥尐生·2023-10-21 19:31

R语言数据可视化ggplot2-检验变量相关性图形汇总

可视化用于检验变量相关性本文介绍的图主要有助于检查两个变量的相关程度。共涉及图形包括：1.散点图Scatterplot2.带环绕的散点图ScatterplotwithEncircling3.抖动图JitterPlot4.计数图CountsChart5.气泡图BubblePlot6.边际直方图/箱线图MarginalHistogram/Boxplot7.相关图Correlogram1.散点图Scat
RookieTrevor·2023-10-21 02:56

把基因画在染色体上

经过一番奇奇怪怪的操作之后，最终用ggplot2画了。。。
果蝇饲养员的生信笔记·2023-10-20 02:14

友好的可视化工具——trelliscope

众所周知，R的一个为人称道之处是它的可视化工具体系，以ggplot为代表的可视化语法自诞生之日起在数据科学领域流行至今。不过，ggplot主要专长于建立静态的可视化效果，可交互性略显不足。
人邮异步社区·2023-10-20 00:06

R语言ggplot2作图一些好看的颜色搭配

elegant-scientific-graphs-learning-from-examples/，我使用snipaste软件把颜色弄下来了，记录一下，自己备用，也分享给大家三个颜色image.pnglibrary(ggplot2
小明的数据分析笔记本·2023-10-19 07:05
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按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他