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量子化学仿真软件：NWChem_（7）.分子动力学模拟

分子动力学模拟

分子动力学（Molecular Dynamics, MD）模拟是量子化学和材料科学中常用的一种计算方法，用于研究分子系统在不同时间和空间尺度下的行为。通过MD模拟，可以观察分子的运动轨迹、能量变化、温度和压力等物理性质，从而深入了解分子间的相互作用和系统的动力学性质。在NWChem中，MD模拟可以通过多种方法实现，包括经典MD和量子MD。本节将详细介绍如何在NWChem中进行分子动力学模拟，包括设置模拟参数、运行模拟以及分析结果。

经典分子动力学模拟

经典MD模拟基于牛顿运动方程，通过数值积分方法计算分子在时间上的运动轨迹。在NWChem中，可以通过dynamics模块来设置和运行经典MD模拟。

设置模拟参数

在进行经典MD模拟之前，需要设置一系列参数，包括温度、压力、时间步长、模拟总时间等。这些参数可以通过输入文件中的dynamics块来指定。

示例输入文件

# 示例输入文件：经典分子动力学模拟



start water_md



# 设置分子结构

geometry units angstroms

  O     0.000000000000    0.000000000000    0.0000

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