植物small RNA靶基因预测软件,psRobot

植物small RNA靶基因预测软件,psRobot_第1张图片

psRoto软件安装

  1. 网址
http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/downloads.php
  1. 下载和安装
wget http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/program/WebServer/psRobot_v1.2.tar.gz
#
tar -zxvf psRobot_v1.2.tar.gz
#
cd psRobot_v1.2
##
./configure
make 
make install

psRoto中的4个程序

  1. psRobot_map

psRobot_map 用于在较长的参考序列中找到短序列(小于 40bp)的所有完美匹配位置;

  1. psRobot_mir

psRobot_mir旨在从高通量测序数据中为一批输入序列寻找具有茎环前体的小RNA(如miRNA或shRNA)

  1. psRobot_tar

psRobot_tar 用于寻找潜在的小 RNA 靶标

  1. psRobot_deg

psRobot_deg 用于识别用户指定的退化组数据支持哪些小 RNA 靶点


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