使用argparse封装python程序为命令行工具

小规模的python代码，jupyter cell中直接运行，相当于该py文件直接python运行，但是像shell脚本一样，给予参数自由度设置，更方便分析，也就是我们需要传入参数进行重复性、同质性的操作。

Q：如何使用argparse将Python程序封装为可调用的命令行工具？

比如说我有一个函数，各个模块我已经写好了，这里引用一下我之前上统计学习课的时候举的一个HMM的例子，

简单来说，就是一阶HMM用于隐状态序列分析，

然后我所有上游的函数处理逻辑都捋顺了，所有已经写好的函数子模块都在这个最后的函数中调用，所以我如果将这整个代码文件改造成一个命令行工具，那么参数就只是上面这个函数的参数：

我的草稿代码如下：

# 开头部分
import argparse # 用于解析命令行参数

可以看到，就导入一个模块即可（至于封装的函数需要导入的模块看自己代码决定，五花八门都有）

# 结尾部分
if __name__ == "__main__":

    parser = argparse.ArgumentParser(description="为输入的蛋白质家族蛋序列建立多隐状态信号的1阶HMM模型")
    parser.add_argument("--fasta_file", type=str, help="需要输入的蛋白质家族的fasta序列文件路径")
    parser.add_argument("--n_states", type=int,default=3, help="隐状态编码个数，默认为3")
    parser.add_argument("--n_fits", type=int, default=1000, help="baum-welch算法中HMM模型拟合次数，默认为1000")
    parser.add_argument("--iter_n", type=int, default=100, help="baum-welch算法的最大迭代次数，默认为100，每次初始化的模型都要迭代该次数")
    parser.add_argument("--best_model_filename", type=str, help="最优HMM模型的保存文件名，建议是pkl格式文件，方便后续加载使用")
    
    args = parser.parse_args()

    first_order_HMM_model(args.fasta_file, args.best_model_filename, args.n_states, args.n_fits, args.iter_n)

if __name__ == "__main__":

这个写法其实就很常见了：

如果是直接运行该脚本文件，则执行以下代码；如果是作为模块导入，则不执行以下代码。

比如说这是一个文件module1.py，如果直接运行python3 module1.py，那么这一行后面的代码会被执行；如果我是在另外一个py中import module1，那么在实际运行的时候，涉及到这一部分代码，因为是作为模块导入，并不是直接运行，所以不会执行后面的代码。

我的草稿效果如下：

总之，这一部分抽象出结构来，其实就是：

# 开头
import argparse 


# 结尾
if __name__ == "__main__":

    parser = argparse.ArgumentParser(description="该python命令行工具的帮助文档说明")
    parser.add_argument("--参数xx", type=指定参数数据类型,default=如果没有显式提供参数时默认值, help="对该参数的帮助文档说明")
    # 参数xx可以有多个
    
    args = parser.parse_args()

    要运行的主函数(args.参数xx) # 对应上面的参数xx