Linux系统时间不对导致mysql初始化失败：Data Dictionary initialization failed.（数据字典版本验证失败）

问题描述

mysql数据初始化失败，发现系统时间是1970年，我将系统时间改成2025年，就能初始化成功了。

1970-01-01T01:44:08.999267Z 0 [System] [MY-010910] [Server] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete (mysqld 8.0.33)  MySQL Community Server - GPL.
1970-01-01 09:45:01+08:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 8.0.33-1.el8 started.
1970-01-01 09:45:01+08:00 [Note] [Entrypoint]: Switching to dedicated user 'mysql'
1970-01-01 09:45:01+08:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 8.0.33-1.el8 started.
'/var/lib/mysql/mysql.sock' -> '/var/run/mysqld/mysqld.sock'
mysqld: [Warning] World-writable config file '/etc/mysql/conf.d/mysqld.cnf' is ignored.
1970-01-01T01:45:03.045951Z 0 [Warning] [MY-011068] [Server] The syntax '--skip-host-cache' is deprecated and will be removed in a future release. Please use SET GLOBAL host_cache_size=0 instead.
1970-01-01T01:45:03.049185Z 0 [System] [MY-010116] [Server] /usr/sbin/mysqld (mysqld 8.0.33) starting as process 1
1970-01-01T01:45:03.053492Z 0 [Warning] [MY-013242] [Server] --character-set-server: 'utf8' is currently an alias for the character set UTF8MB3, but will be an alias for UTF8MB4 in a future release. Please consider using UTF8MB4 in order to be unambiguous.
1970-01-01T01:45:03.053523Z 0 [Warning] [MY-013244] [Server] --collation-server: 'utf8mb3_general_ci' is a collation of the deprecated character set UTF8MB3. Please consider using UTF8MB4 with an appropriate collation instead.
1970-01-01T01:45:03.074083Z 1 [System] [MY-013576] [InnoDB] InnoDB initialization has started.
1970-01-01T01:45:03.338899Z 1 [System] [MY-013577] [InnoDB] InnoDB initialization has ended.
1970-01-01T01:45:03.348297Z 1 [ERROR] [MY-011096] [Server] No data dictionary version number found.
1970-01-01T01:45:03.348883Z 0 [ERROR] [MY-010020] [Server] Data Dictionary initialization failed.
1970-01-01T01:45:03.349101Z 0 [ERROR] [MY-010119] [Server] Aborting
1970-01-01T01:45:03.949729Z 0 [System] [MY-010910] [Server] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete (mysqld 8.0.33)  MySQL Community Server - GPL.
1970-01-01 09:46:04+08:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 8.0.33-1.el8 started.
1970-01-01 09:46:05+08:00 [Note] [Entrypoint]: Switching to dedicated user 'mysql'
1970-01-01 09:46:05+08:00 [Note] [Entrypoint]: Entrypoint script for MySQL Server 8.0.33-1.el8 started.
'/var/lib/mysql/mysql.sock' -> '/var/run/mysqld/mysqld.sock'
mysqld: [Warning] World-writable config file '/etc/mysql/conf.d/mysqld.cnf' is ignored.
1970-01-01T01:46:06.744074Z 0 [Warning] [MY-011068] [Server] The syntax '--skip-host-cache' is deprecated and will be removed in a future release. Please use SET GLOBAL host_cache_size=0 instead.
1970-01-01T01:46:06.747196Z 0 [System] [MY-010116] [Server] /usr/sbin/mysqld (mysqld 8.0.33) starting as process 1
1970-01-01T01:46:06.751486Z 0 [Warning] [MY-013242] [Server] --character-set-server: 'utf8' is currently an alias for the character set UTF8MB3, but will be an alias for UTF8MB4 in a future release. Please consider using UTF8MB4 in order to be unambiguous.
1970-01-01T01:46:06.751518Z 0 [Warning] [MY-013244] [Server] --collation-server: 'utf8mb3_general_ci' is a collation of the deprecated character set UTF8MB3. Please consider using UTF8MB4 with an appropriate collation instead.
1970-01-01T01:46:06.771748Z 1 [System] [MY-013576] [InnoDB] InnoDB initialization has started.
1970-01-01T01:46:07.034656Z 1 [System] [MY-013577] [InnoDB] InnoDB initialization has ended.
1970-01-01T01:46:07.044106Z 1 [ERROR] [MY-011096] [Server] No data dictionary version number found.
1970-01-01T01:46:07.044737Z 0 [ERROR] [MY-010020] [Server] Data Dictionary initialization failed.
1970-01-01T01:46:07.044811Z 0 [ERROR] [MY-010119] [Server] Aborting
1970-01-01T01:46:07.644094Z 0 [System] [MY-010910] [Server] /usr/sbin/mysqld: Shutdown complete (mysqld 8.0.33)  MySQL Community Server - GPL.

1970-01-01T01:46:06.771748Z 1 [System] [MY-013576] [InnoDB] InnoDB initialization has started.
1970-01-01T01:46:07.034656Z 1 [System] [MY-013577] [InnoDB] InnoDB initialization has ended.
1970-01-01T01:46:07.044106Z 1 [ERROR] [MY-011096] [Server] No data dictionary version number found.
1970-01-01T01:46:07.044737Z 0 [ERROR] [MY-010020] [Server] Data Dictionary initialization failed.
1970-01-01T01:46:07.044811Z 0 [ERROR] [MY-010119] [Server] Aborting

分析

根据你提供的日志和描述，系统时间错误确实可能导致 MySQL 初始化失败。以下是详细分析和解决方案：

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问题原因分析

1. 系统时间错误：

   • 日志中显示的时间戳为 1970-01-01（Unix 时间起点），表明系统时间未正确配置。MySQL 在初始化时会依赖系统时间进行以下操作：
     • 数据字典版本验证：MySQL 8.0 引入了新的数据字典（Data Dictionary），其元数据包含版本信息。如果系统时间错误（如设置为 1970 年），MySQL 可能无法正确解析这些信息，导致 No data dictionary version number found 错误。
     • 文件时间戳一致性：MySQL 初始化时会检查数据目录中文件的时间戳。若系统时间错误，可能导致 MySQL 认为文件时间早于预期，从而触发初始化失败。

2. 配置或数据损坏：

   • 如果系统时间错误导致 MySQL 无法正确读取数据目录中的文件（如 ibdata1、ib_logfile* 等），可能引发数据字典初始化失败。即使系统时间修正后，仍需检查数据目录是否损坏。

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解决方案

1. 修正系统时间

• 临时修改（仅用于测试）：

  # 设置正确的时间和时区
  sudo date -s "2025-06-20 15:35:00"
  sudo timedatectl set-timezone Asia/Shanghai
  

• 永久同步时间（推荐）：
  安装并启用 NTP 服务，确保系统时间自动同步：

  # 安装 NTP
  sudo apt install ntp  # Debian/Ubuntu
  sudo yum install ntp  # CentOS/RHEL
  
  # 启动并启用 NTP 服务
  sudo systemctl enable ntp --now
  

2. 检查数据目录完整性

• 手动检查数据目录：
  确保 MySQL 数据目录（通常是 /var/lib/mysql）权限和文件完整性：

  sudo chown -R mysql:mysql /var/lib/mysql
  sudo chmod -R 750 /var/lib/mysql
  

• 修复数据文件：
  如果数据目录损坏，可以尝试使用 mysqlcheck 工具修复：

  sudo mysqlcheck --all-databases --check-upgrade --auto-repair -u root -p
  

3. 重新初始化数据目录

如果上述方法无效，可能需要重新初始化数据目录：

1. 备份现有数据（如有必要）：

   sudo cp -r /var/lib/mysql /var/lib/mysql_backup
   

2. 删除旧数据目录：

   sudo rm -rf /var/lib/mysql/*
   

3. 重新初始化：

   sudo mysqld --initialize --user=mysql
   

4. 启动 MySQL：

   sudo systemctl start mysql
   

4. 调整 MySQL 配置

• 避免使用过时的字符集配置：
  日志中提示 utf8 将在未来版本中映射到 utf8mb4。更新 my.cnf 配置文件：

  [mysqld]
  character-set-server = utf8mb4
  collation-server = utf8mb4_unicode_ci
  

• 移除废弃参数：
  日志中提示 --skip-host-cache 已弃用，替换为：

  SET GLOBAL host_cache_size = 0;
  

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验证与后续步骤

1. 检查 MySQL 日志：
   查看 /var/log/mysql/error.log 或 /var/log/mysqld.log，确认是否仍有错误。

2. 测试数据库连接：

   mysql -u root -p -e "SHOW DATABASES;"
   

3. 监控系统时间：
   使用 ntpstat 或 timedatectl 确保系统时间同步：

   timedatectl
   

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注意事项

• 避免手动修改系统时间：长期依赖手动修改时间可能导致其他服务异常（如证书验证失败、日志混乱等）。务必使用 NTP 自动同步。
• 备份数据：在重新初始化数据目录前，务必备份重要数据。
• 升级 MySQL：如果你使用的是较旧版本（如 8.0.33），建议升级到最新版本以修复潜在问题。

如果问题仍未解决，请提供完整的 MySQL 错误日志和 my.cnf 配置文件内容，以便进一步排查。

其他说明

上海107 ubuntu22.04 算能盒子硬件时钟是有电的，能够取得时间，但是初始时间未设置，为1970年，导致mysql数据初始化时失败。

猜测之前的英伟达盒子，可能系统启动的时候做了个判断，如果硬件时间是1970年附近，就把硬件时钟设置为2023年2月，所以一直没问题。