go语言 第三方包安装方法_GO富集分析可视化:R语言GOplot包

找R语言做弦图的教程的时候发现了这个包:GOplot。其主要功能是可视化GO富集分析的结果。自己应该会用得到。 第一步是学习其帮助文档中的例子,然后学习如何准备自己的数据,并利用这个包中的函数来绘图

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library(GOplot)
help(package="GOplot")

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data(EC)
class(EC)
dim(EC$david)
dim(EC$genelist)
circ<-circle_dat(EC$david,EC$genelist)
class(circ)
head(circ)

  category         ID              term count  genes
1       BP GO:0007507 heart development    54   DLC1
2       BP GO:0007507 heart development    54   NRP2
3       BP GO:0007507 heart development    54   NRP1
4       BP GO:0007507 heart development    54   EDN1
5       BP GO:0007507 heart development    54 PDLIM3
6       BP GO:0007507 heart development    54   GJA1
       logFC adj_pval     zscore
1 -0.9707875 2.17e-06 -0.8164966
2 -1.5153173 2.17e-06 -0.8164966
3 -1.1412315 2.17e-06 -0.8164966
4  1.3813006 2.17e-06 -0.8164966
5 -0.8876939 2.17e-06 -0.816496

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