rdkit 绘制分子【可视化分子】

rdkit 内置了Draw模块，用于绘图，把一些经常用到的方法直接放在Draw下面。

一、引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8
# rdkit 绘制分子【可视化分子】


from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw
# from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole #Needed to show molecules
from rdkit.Chem.Draw.MolDrawing import MolDrawing, DrawingOptions #Only needed if modifying defaults

二、分子对象转化为图片

2.1 分子对象转图片文件函数解析

Draw.MolToFile(
    mol,  # mol对象
    'filename.png',  # 图片存储地址
    size=(300, 300), 
    kekulize=True, 
    wedgeBonds=True, 
    imageType=