分子动力学概念简介与系列序章——分子动力学仿真及其在离子阱中运用 学习与实践分享第1.0

目录

  • 总述与概括
    • 为什么写这个系列
    • 作者与目标人群
    • 第一期内容总述
  • 什么是分子动力学
    • 分子动力学基本原理
      • 分子动力学基本工作步骤
      • 分子动力学的计算参数和结果
    • 分子动力学软件
      • LAMMPS
      • AMBER
      • GROMACS
  • 系列目录
    • 第一期:原理与背景探讨
    • 第二期:[lammps基础](https://blog.csdn.net/Peace__mind/article/details/136482860)

总述与概括

为什么写这个系列

因为最近的科研涉及到离子阱中物理问题的一些仿真计算,需要用到分子动力学仿真。在网上检索时发现关于分子动力学的入门文章特别是用于物理场景的比较少,学物理的同学对程序也不都十分擅长,想必有很多人也需要一个参考和借鉴。因此就想把这个学习的过程分享出来,给自己做一个记录,也是给其它刚入门的同学一个参考。

作者与目标人群

发稿时,作者是在读直博二年级学生,本科物理系毕业,只是基于爱好做过一些科学计算项目,课堂上学过一点分子动力学,但更多还是自己摸索。因此本系列内容注定不够专业,甚至漏洞摆出,希望大佬积极批评指正。考虑到大佬往往没空写一些很基础的东西,有一些问题大佬也不会认为是问题,因此本文可以给萌新姑且做一个参考。希望能够积极的互相交流,如果偶遇同行,碰撞出一些火花,那我更将不胜欣喜。
分子动力学仿真目前更广泛的用于化学和生物学领域,对于这些同学来说,我这里注定无法涉及到很多关于大分子空间结构计算等的内容,但前面以物理人的视角对整个体系的梳理或有可取之处,也许也可看看。

第一期内容总述

这部分主要用于探讨分子动力学本身,计算技巧归纳,相关软件的使用等。本篇为第0篇,主要对整个分子动力学做一个简要介绍。

什么是分子动力学

分子动力学仿真(Molecular Dynamics Simulation,简称 MD)是一种利用计算机模拟分子体系在一定条件下的运动和演化的方法。分子动力学仿真可以用来研究分

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