农学小白
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Linux环境下Tassel 5.0软件GWAS分析的命令行

cd tassel-5-standalone
###排序
./run_pipeline.pl -SortGenotypeFilePlugin -inputFile test_hmp.txt -outputFile test_sort -fileType Hapmap
###Hapmap格式转VCF
./run_pipeline.pl -fork1 -h test_sort.hmp.txt -export -exportType VCF
###基因型文件过滤
plink --vcf test.vcf --maf 0.05 --geno 0.2  --make-bed --biallelic-only strict --out Genotype_Filter --allow-extra-chr
plink --bfile Genotype_Filter --recode vcf-iid --out GWAS_vcf --allow-extra-chr

###计算亲缘关系
./run_pipeline.pl  -importGuess Genotype_Filter.vcf -KinshipPlugin -method Centered_IBS -endPlugin -export kinship.txt -exportType SqrMatrix

###PCA分析
./run_pipeline.pl -fork1 -importGuess GWAS.vcf -PrincipalComponentsPlugin -ncomponents 3 -covariance true -endPlugin -export pca -runfork1

###GLM
./run_pipeline.pl -fork1 -importGuess GWAS.vcf -fork2 -importGuess Trait.txt  -fork3 -importGuess PCA1.txt -excludeLastTrait -combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect -FixedEffectLMPlugin -endPlugin -export glm

###MLM
./run_pipeline.pl -fork1 -vcf GWAS.vcf -fork2 -importGuess Trait.txt -fork3 -importGuess PCA1.txt  -fork4 -importGuess Kinship.txt -combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect -combine6 -input5 -input4 -mlm -mlmVarCompEst P3D -mlmCompressionLevel  None -export mlm

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按字母分类： ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ其他