构建多序列比对的删除矩阵Deletion Matrix

从多序列比对（Multiple Sequence Alignment, MSA）数据中构建删除矩阵（Deletion Matrix）是蛋白质结构预测中的一个重要步骤。删除矩阵记录了每个位置相对于参考序列的缺失（deletion）信息，这些信息对于理解蛋白质的进化关系和结构变化非常关键。以下是从 A3M格式文件 的MSA序列数据中构建删除矩阵的核心代码和示例解析。

1. A3M格式文件(.a3m)：

1. 每个序列都以 > 开头的行开始，并包含序列的标识信息。
2. 在序列标识行之后，是与该序列相关的比对信息，通常使用字母来表示氨基酸或核酸。‘-’表示缺失，小写字母表示插入。

2. 构建deletion_matrix核心代码：

deletion_matrix = []   # 存储所有 MSA 序列的删除矩阵
for msa_sequence in sequences:  # 遍历 MSA 中的每条序列
    deletion_vec = []           # 存储当前序列的删除数量
    deletion_count = 0          # 记录当前删除的累计计数

    for j in msa_sequence:       # 遍历序列中的每个字符
        if j.islower():          # 小写字母表示删除
            deletion_count += 1  # 累计删除数量