gseapy python包GO、KEGG富集(注释)分析

文档案例参考:https://gseapy.readthedocs.io/en/latest/gseapy_example.html#Over-representation-analysis-by-Enrichr-web-services

简介:

富集分析是一种常见的生物信息学分析方法,通过比较一个给定的基因集(如一组显著差异表达基因)与已知的生物过程、通路或功能的数据库,来发现哪些过程、通路或功能与这个基因集显著相关。富集分析可以帮助研究人员更好地理解基因集的生物学含义和功能。

GO富集分析是一种基于基因本体论(Gene Ontology,GO)的富集分析方法,GO是一个广泛使用的标准化词汇体系,用于描述基因和蛋白质的生物学功能,分为三个主要方面:分子功能(Molecular Function,MF)、细胞组成(Cellular Component,CC)和生物过程(Biological Process,BP)。

KEGG富集分析则是一种基于Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)数据库的富集分析方法,KEGG数据库是一个综合性的生物信息学数据库,涵盖了生物通路、化学物质、酶、基因、蛋白质等多方面的信息,因此KEGG富集分析主要用于发现与基因集显

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