生信修炼手册
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lncRNA数据分析专题

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lncRNA是一种长度在200bp以上的非编码RNA, 虽然没有编码蛋白的功能，但是却具有很重要的调控作用，可以在表观遗传水平，转录水平，转录后水平等多个层次调控基因的表达，广泛参与各种生物学过程，本文整理了lncRNA数据分析相关的资料。

首先是lncRNA的数据库，和miRNA不同，lncRNA虽然是研究的热点之一，但是其数量众多，没有统一的命名方式，这就要求我们对不同数据库中的lncRNA有一个清晰的认识

  • LNCipedia:人类lncRNA数据库

  • NONCODE:综合性的lncRNA数据库

  • lncRNome:综合性的人类lncRNA数据库

  • LncBook:综合性的人类lncRNA数据库

  • PlncRNADB:植物lncRNA数据库

  • CANTATAdb:植物lncRNA数据库

  • GreeNC:植物lncRNA数据库

  • EVLncRNAs:最大的实验验证过的lncRNA数据库

数据库中存储的是别人已经预测出来的lncRNA,然而lncRNA数量众多，还有很多lncRNA没被发现，我们需要掌握预测lncRNA的方法

  • CPAT:转录本蛋白编码能力预测软件

  • CPC:转录本蛋白编码潜能预测工具

  • CNCI:转录本蛋白编码潜能预测工具

  • PLEK:转录本蛋白编码潜能预测工具

  • LGC:转录本蛋白编码潜能预测工具

接下来就是研究lncRNA与其他分子之间的调控作用，包括ceRNA调控机制

  • LncRNA2Target:lncRNA靶基因数据库

  • Co-LncRNA:lncRNA与蛋白编码基因的共表达网络数据库

  • LincSNP:lncRNA相关SNP位点数据库

  • LncBase:lncRNA与miRNA相互作用数据库

  • lncRNASNP:SNP位点对lncNA结构和lncRNA-miRNA影响的数据库

  • LncMAP:lncRNA-TF-gene调控网络数据库

  • chipBase:转录调控数据库

  • LncACTdb:lncRNA相关的ceRNA网络数据库

  • LncCeRbase:人类lncRNA相关ceRNA数据库

lncRNA还有很多的病理过程相关

  • lncrnadisease:lncRNA相关疾病数据库

  • MNDR:哺乳动物中与疾病相关的ncRNA数据库

  • lnc2Cancer:lncRNA相关肿瘤数据库

  • Lnc2Meth:与疾病相关的lncRNA上的甲基化位点

  • NSDNA:神经系统疾病相关的ncRNA数据库

  • Lnc2Catlas:肿瘤相关的lncRNA数据库

  • TANRIC:肿瘤相关lncRNA数据库

lncRNA的研究主要集中在两点上，lncRNA与其他分子的调控作用以及相关关的生理，病理过程，目前大多数lncRNA的功能还是未知的，有很多的未知区域需要进行探索和挖掘。

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