生信星球学习小组第80期 Day3笔记--ZJUSKY

Conda 简介

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。

简单来说Conda就是Linux系统下的应用商店，你可以在通过Conda下载，安装很多软件。这里我们推荐miniconda,它只包含了最基本的内容，python和conda，以及相关的必须依赖项。精简的miniconda足够满足日常生信使用。

下载miniconda

推荐使用清华大学的conda镜像，直接百度即可，然后选择匹配自己服务器的最新版本，右键复制下载链接。

（截止发文时，以上是最新版本）
在linux中输入命令 wget+复制好的下载链接，回车即开始下载。

安装和激活miniconda

输入命令bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh，安装过程中会出现很多版本信息，回车跳过即可。
后面程序需要enter就enter,需要yes就yes。
source ~/.bashrc激活conda，再输入conda，出现大段信息说明激活成功。

添加镜像

由于conda在国外，在国内直接访问速度会很慢，所以要配置镜像，以设置清华镜像为例。将代码全部复制粘贴，回车即可。

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

在miniconda上安装和卸载软件

1.conda list：查看目前服务器上已安装的软件
2.conda install fastqc -y：安装fastqc软件（-y表示运行过程中遇到yes/no的选项默认yes）
3.conda remove fastqc -y卸载软件

Conda 环境

不同的分析项目需要不同的软件，在执行不同项目时需要的软件版本也可能不同，这就需要在不同的环境里安装不同的软件。
1.conda info --envs查看当前conda有哪些环境，带的是默认环境。
2.conda create -n rna-seq python=3 fastqc -y建立名为rna-seq的环境,指定python版本是3，安装软件fastqc。
此时再查看环境会发现多了一个rna-seq，若要激活该环境则需要conda activate rna-seq，这时会发现移到了新建环境前面，若要退出当前环境，则运行conda deavticate。