KK_f2d5
KK_f2d5

11.8 RNA-seq表达rpkm数据操作实践（二）

接下来，我们需要对rpkm数据进行annotation再画图。

一篇文章说：RPKM values were log2 transformed before generating heat maps. The heat map was generated by BAR Heatmapper Plus (http://bar.utoronto.ca/ntools/cgi-bin/ntools_heatmapper_plus.cgi) online.

首先进行annotation，本来想用biomart，但是biomart中的geneid不对。

which语句看有没有想要的物种，以及query语句

查看物种的annotation的内容：

keytypes返回这个数据包可以当做关键字(key)进行查找的列

发现都不对，最后我们选择再ncbi上查找作者上传的基因组数据，找gff文件

点击ftp就可以下载。但是里面的gene id居然不对。好吧，明天继续。

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