学习小组DAY3笔记-非非

miniconda下载安装及使用

下载安装使用过程

miniconda.png

1.进入服务器输入链接进行下载

cd ~/biosoft
wget 链接  #链接一定右键粘贴！

2.安装（提示按什么就按什么！重复多次的心声）

PS：中间不知道下一步干嘛就按回车，但别乱按！

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到这里就安装好了！

3.激活

source ~/.bashrc
conda

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4.添加镜像

PS：复制粘贴一定注意，鼠标左键复制，右键粘贴！不是ctrl+v/c！

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

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5.查看软件列表

conda list

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6.搜索软件

conda search 软件名

举个例子：搜索fastqc

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7.安装软件

sonda install 软件名 -y  #-y是自动安装的意思

举个例子：安装fastqc=0.11.7 这个版本

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8.卸载软件

sonda remove 软件名 -y

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9.conda环境

1.查看conda环境

conda  info --envs

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2.创建新的conda环境
举个例子：建立一个名叫rnaseq的conda环境，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic

conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y

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再来查看一下，发现多了一个rnaseq

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PS：*是指默认
3.激活新的conda环境

conda activate rna-seq  #这个时候*就到rnaseq前面去了，并且root前是rnaseq
fastqc  #如果激活成功，可以使用，下面出现一堆东西

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10.总结

仔细认真，每一步都会出现一些问题，但是寻找一圈后会发现都是一些细节的问题，所以需要更加仔细。和小伙伴一起做作业真的很棒，哈哈哈，大家相互讨论，学习得会更愉快！