生信地基系列--常规分析流程

还在到底搜索一些R的分析流程吗？biocondutor已经给你准备好了

29篇

Bioconductor - BiocViews

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注释流程

生物导体可以导入多种与序列相关的文件类型，包括 Fasta、 fastq、 BAM、 VCF、 gff、 bed 和 wig 文件等。包支持常见的和高级的序列操作操作，例如修剪、转换和对齐。领域特异性分析包括质量评估、 ChIP-seq、差异表达、 RNA-seq 和其他方法。生物导体包括序列读档案的接口(通过 SRAdb 软件包)。
Annotating Genomic Ranges (bioconductor.org)

注释基因组变异,主要用vcf文件
Annotating Genomic Variants (bioconductor.org)

这篇竟然是有人用中文在biocondutor上写的
使用limma、Glimma和edgeR，RNA-seq数据分析易如反掌 (bioconductor.org)

Using singscore to predict mutation status in AML from transcriptomic signatures (bioconductor.org)