学习小组Day3笔记--沈亦青

Linux环境下的软件安装/卸载

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1. 下载miniconda

1.1 了解服务器型号uname -a
1.2 复制链接，通过cd 目录前往需要下载的目录，使用wget 链接下载（右击黏贴）
1.3 按照教程输入回车/yes直至安装成功

安装成功

1.4 激活conda source ~/.bashrc

• 如果失败则将miniconda目录删除后重新安装

1.5 添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

2. 使用miniconda

2.1 查看当前软件列表 conda list
2.2 搜索软件 conda search fastqc

• FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，官网

2.3 安装软件 conda install fastqc -y

• -y是自动安装，我没加-y也顺利安装了。
• 如需指定版本号conda install fastqc=0.11.7 -

2.4 卸载软件 conda remove 软件 -y

3. 设定conda环境——同时使用不同的软件

3.1 查看当前环境 conda info --envs

带*号的是当前环境

3.2 新建名为rna-seq的环境/并安装两个软件
conda create -n 环境名 python=x
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3.3 激活环境 conda activate 环境名

• 直接输入软件名fastqc查看当前环境下的软件是否可用。

3.4 卸载环境
3.4.1 卸载环境中的软件
conda remove -n 环境名 软件名 -y
3.4.2 退出当前环境
conda deactivate
3.4.3 删除环境
conda remove -n 环境名 --all