circos 可视化手册-ticks 篇

circos中,通过ticks block来添加刻度线。刻度线和我们的比例尺是一样的,需要有一个最小单位。

通过chromosomes_units定义最小单位,用法如下

chromosomes_units  = 1000000

之后的刻度线都基于该最小单位进行定义。对于刻度线,有两个全局参数控制其显示方式

  1. show_ticks
    show_ticks = yes 表示显示刻度线
  2. show_tick_labels
    show_tick_labels = yes 表示显示刻度线上的标签

对于刻度线而言,可以由多个不同标准的刻度组成,和厘米,毫米的概念差不多,可以每5M标记一个刻度线,也可以每10M标记一个刻度线。对于每一种规格的刻度线,通过tick 这个block 定义。看下面这个例子

首先是两个全局参数,表明显示刻度线。接下来就是ticks模块。上图中的ticks 由两个tick构成。

关于刻度线的相关参数,可以分成一下两大类别

刻度线的显示

  1. radius
    radius 表示刻度线显示的位置,用法radius = 0.8r;
  2. spacing
    spacing 指定刻度线之间的间隔,比如 spacing = 5u, 表示每5个单位标记一个刻度线
  3. color
    刻度线的颜色, 用法color = grey
  4. thickness
    刻度线的粗细, 用法thickness = 2p
  5. size
    刻度线的长度,用法size = 5p

刻度线的标签的显示

  1. show_label
    show_label = yes 表示显示标签
  2. lable_size
    控制label文字的大小, 用法 label_size = 5p
  3. label_offset
    控制label的偏移量,设置label和刻度线之间的间隔,用法label_offset = 10p
  4. skip_first_label
    不显示第一个label
  5. skip_last_label
    不显示最后一个label
  6. multiplier
    multiplier定义了label和实际刻度之间的比例,公式为tick_label = tick_value * multiplier, 实际标记的label需要在原来的基础上乘以multipliermultiplier = 1 / 1u, 表示1:1的比例,实际5u的地方就标记5;
    multiplier = 10 / 1u, 表示10:1的比例,实际5u的地方就标记50。
  7. mod
    mod 用于格式化标签的显示方式,使标签更加的美观。mod 代表取余数的意义
    spacing = 0.1u 的情况下,在10M-11M 之间会有10.1, 10.2 这样的刻度,当添加了mod = 1u时,10.1 除以1,余数为0.1, 所以10.1 对应的 label 变成了0.1;
  8. suffix
    给label添加后缀,比如 suffix = Mb,这样每个label 最后都会再加上Mb
  9. prefix
    给label 添加前置,比如prefix = +, 这样每个label 前面都会在加上+
  10. format
    格式化label的显示,用法和perl 语言中的 是sprintf函数的用法相同

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