Day3 刘强

Linux之软件安装

Miniconda

软件下载器，类似于APP store，90%软件可直搜直用。

Linux 软件管理.png

如何下载Miniconda

• Key words：miniconda 清华
• 进入：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
  linux下面有64-bit（x86_64）、32-bit(x86)两种版本。根据自己服务器是多少位，输入命令
  uname -a
• 安装python3.6对应的版本 (右键-复制下载链接)
• 进入biosoft目录
  cd ~/biosoft
• 下载Miniconda
  wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  或者（cp /home/doudou/biosoft/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ~/biosoft
  【意思就是拷贝doudou目录下的这个安装包到你的biosoft目录】）

如何安装Miniconda

• 开始安装
  bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
• Enter跳过确认版权信息直到 输入Yes 确认
  -激活conda
  source ~/.bashrc
• 添加镜像

# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

正式使用conda

• 查看当前所有软件列表
  conda list
• 搜索软件 (这里以数据质控软件fastqc为例)
  conda search fastqc
• 安装软件 (加上-y是自动安装)
  conda install fastqc -y

默认安装最新版本，但是有的软件新版本bug比较多，可能需要用到老版本
如果要指定版本号，可以 conda install fastqc=0.11.7 -

• 卸载软件
  conda remove fastqc -y

Conda环境

生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。(Ref: 生信星球)

• 先查看当前conda环境
  conda info --envs
  (前面带*的是默认环境)
• 以转录组数据处理为例，
  1，首先要建立一个名叫rnaseq的conda环境，
  2，然后指定python版本是3，安装软件fastqc、trimmomatic（这两个可以一步完成）,
  conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
  3, 创建完之后，再次查看一下我们的conda环境，
  conda info --envs
  看是不是多了一个rna-seq。但是发现，默认还是base
  4, 激活新的conda环境
  conda activate rna-seq
  这时默认的就会转移到rna-seq前面*
  另外你会发现在用户名root前面出现了(rna-seq)