deeptools使用过程中出现问题集

1.想要画一个chip-seq的热图，首先要通过bamcompare获得针对IP和input样品的处理后的bigwig文件，

通过运行 命令

bamcompare -b1 IP. bam -b2 input.bam -o log2ratio_IP1.bw，

结果报错

“IP. bam does not appear to have an index.  You must index the file first!”

在网上找了下解决方法是运行命令：

samtools index IP. bam

后，重新运行上述bamcompare命令

结果可行。

注：input. bam 也需要进行同样的处理。其实这个index文件也就是测序公司给的*.bam.bai文件。由于我这个分析是在服务器上运行的，上传的时候没有把bai文件也传上去，所以出现了这个问题。

2.前面没有考虑到生物学重复的问题，如果ChIP有两个生物学重复，是不是要合并两个生物学重复后作图？这里就涉及了将两个生物学重复的BAM文件进行merge，需要使用samtools的merge命令：

Usage: samtools merge [-nr] [-h inh.sam] [...]

Options: -n      sort by read names

        -r      attach RG tag (inferred from file names)

        -u      uncompressed BAM output

        -f      overwrite the output BAM if exist

        -1      compress level 1

        -R STR  merge file in the specified region STR [all]

        -h FILE  copy the header in FILE to [in1.bam]