snakemake 学习(0)

1. snkemake介绍

Snakemake工作流管理系统是一种创建可重复和可扩展的数据分析的工具。工作流程通过人类可读的基于Python的语言进行描述。它们可以无缝扩展到服务器，集群，网格和云环境，而无需修改工作流定义。最后，Snakemake工作流程可能需要描述所需的软件，这些软件将自动部署到任何执行环境。

2. 快速示例

Snakemake工作流本质上是由声明性代码扩展的Python脚本，用于定义规则。规则描述了如何从输入文件创建输出文件。

rule targets:
    input:
        "plots/dataset1.pdf",
        "plots/dataset2.pdf"

rule plot:
    input:
        "raw/{dataset}.csv"
    output:
        "plots/{dataset}.pdf"
    shell:
        "somecommand {input} {output}"

• 与GNU Make类似，您可以根据顶部的伪规则指定目标。
• 对于每个目标文件和中间文件，您可以创建规则，以定义如何从输入文件创建它们。
• Snakemake通过匹配文件名来确定规则依赖性。
• 输入和输出文件可以包含多个命名通配符。
• 规则可以使用shell命令，普通Python代码或外部Python或R脚本来从输入文件创建输出文件。
• Snakemake工作流程可以在工作站，集群，网格和云中轻松执行，无需修改。作业调度可以受到任意资源的约束，例如可用的CPU内核，内存或GPU。
• Snakemake可以使用Conda或Singularity自动部署工作流所需的软件依赖性。
• Snakemake可以使用Amazon S3，Google Storage，Dropbox，FTP，WebDAV，SFTP和iRODS访问输入或输出文件，并通过HTTP和HTTPS进一步访问输入文件。