CeleScope软件平台搭建及下机数据处理

1 Celescope背景介绍

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2 CeleScope安装

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git clone 命令：git clone 拷贝一个 Git 仓库到本地，让自己能够查看该项目，或者进行修改。

命令格式：
git clone [url] （注：[url] 是你要拷贝的项目）

例如：git clone https://github.com/tianqixin/runoob-git-test
拷贝完成后，在当前目录下会生成一个 runoob-git-test 目录
运行脚本成功！

默认情况下，Git 会按照你提供的 URL 所指向的项目的名称创建你的本地项目目录。 通常就是该 URL 最后一个 / 之后的项目名称。如果你想要一个不一样的名字， 你可以在该命令后加上你想要的名称
例如：git clone https://github.com/tianqixin/runoob-git-test another-runoob-name
运行脚本成功！

conda create -n celescopewx
创建新的环境  
conda activate celescopewx
激活新的环境

安装软件前使用自己创建的新环境

？pip install celescope
命令pip install是什么意思？

3、CeleScope算法

一、构建人的参考基因组（下载基因组-解压基因组-构建参考基因组信息）

微信图片_20211111104830.png

测试数据位置：/home/shpc_a98ef85f8f/software/CeleScope0723/CeleScope/test_dir
将上述截图中的rna_1.fq.gz 和rna_2.fq.gz 拷贝到

操作.png

将上述截图中的rna_1.fq.gz 和rna_2.fq.gz 拷贝到~/SingleronTest/wuxuan/CeleScope/test_dir/celescope_test_data/rna/fastqs中