perl 学习感想：
从7月10号入职至今，已经完成了三道练习题。
自上周完成两道之后，本以为这周可以飞速完成剩余题目，在这周初就真香警告，写剩余题目的时候，犯了很多低级错误。之前的题目虽然做出来了，但是还是相当不熟悉，很多东西不能灵活应用，不会变换，理解得不够深入透彻。并且很多基础知识还没学习到。所以决定慢下脚步，开始复习总结并看书继续学习基础知识。
之前代码总结
外部定义参数
特别注意：
1 各种符号： 第一行注意引号,括号最后加引号，括号中注意逗号与引号，=>符号
2 ： 与 = 区别，：表示这个参数可有可无，=表示这个参数必须有
3 s表示后接的参数为字符串，i表示后接的参数为整数，f表示后接的参数为浮点数
my ($infile,$outfile,$position,$sta_end,$help);
GetOptions(
"i|infile=s "=> \$infile,
"o|outfile=s "=> \$outfile,
#如果需要输入不同文件，并生成的文件名与输入文件相关，则可以把此项去掉，在脚本中定义$filename =$infile.$b（$b为文件数量计数器），具体操作可见联系第三题45-47行代码
"p|position=i" => \$position,
"se|sta_end=s" => \$sta_end,
#如果外部参数格式为num1-num2，在后续代码中，可以($s,$e)=split"-",$sta_end，对num1与num2进行操作，具体内容详见练习题第二题
"h|help:s" => \$help,
);
读取文件并写入文件
- 主程序按行读文件，创建数组
#读取外部参数传来的文件,并将每行以空格分隔的内容定义为数组
open F,"$infile" or die $!;
while (my $line =){
chomp $line;
my @content=split " ",$line; #一行有多个元素，
$id .= "$line-"; #一行只有一个元素，
}
close F ;
#注意每有一个open对应一个close
- 子程序读取文件内容，创建哈希（原始格式为excle表）
#子程序读取外部输入文件，并新建哈希(这个原始文件为excle，题目中还有原始文件为fa格式文件)
read_file($infile)
sub read_file{
my $file = shift;
#或者 my $file = $_[0] 外部传入的参数为一个文件名，即为一个字符串，这个命令的意思是将外部传入的内容取第一个元素赋值给$file,
open F, $file or die $!; #将名为$file的文件句柄赋值给F，打开这个文件内容
my %hash;
while (my $line=){
chomp $line;
($tmp1,$tmp2)= split " ",$line;
$key .=$tmp1;
$value .=$tmp2;
$hash{$key} = $value;
#哈希的key为文件第一列，value为文件第二列
}
close F;
return ...
}
- 子程序读取文件内容，创建哈希（原始格式为fa）,还可以把分行的序列归一行（加不加chomp）
my %hash2 = read_fa($infile1);
sub read_fa{
my $file = shift;
open F, $file or die $!;
my %hash;
my($id,$gene,$seq);
while (my $line=){
chomp $line; #至现在代码与上个相同
if ($line =~ /^>/){
($id,$gene) = split " ", $line;
$id =~ s/>//;
}else{
$seq .=$line;
}
$hash{$id} = $seq;
close F;
return %hash;
}
在脚本内部新建文件并写入内容
open OUT ,">$outfile" or die $!;
my $locseq =...；定义$locseq为相应内容
print OUT "$locseq\n";
close OUT ;
#可以将$locseq内容写入outfile中
foreach while if 用法总结
- foreach+if ：遍历数组中每个元素，判断数组中元素是否符合某种条件，由于foreach可以循环花括号内容，if在{}中因此可以多次判断，而if判断本身不能循环。
#例子 1
my $sum1=0;
foreach (keys %hash){
if (($_>=18)and($_<=30)){
$sum1 += $hash{$_};
print "$sum1\n";
}
}
#例子 2
open OUT,">$outfile" or die $!;
my $seq2;
foreach (@testid2){
if (exists $hash2{$_}){
$seq2 =$hash2{$_};
print OUT "$_\n$seq2\n";
}
}
#close F;
close OUT;
- while + if ：while可用于按行读取文件中内容，while本身自带循环与判断，在这种用法中while判断的为：非文件的最后一行，符合条件时，对此行进行{}内操作，进行相应操作后，再判断是否为文件最后一行，，如此循环往复，直至读到文件最后一行停止while
if来判断当前读取的行是否符合某种条件，由于if在while{}中因此可以多次判断，而if判断本身不能循环。
foreach与 while :foreach遍历数组中元素
while读取文件中每行内容
#例子
while (my $line=){
chomp $line; #至现在代码与上个相同
if ($line =~ /^>/){
($id,$gene) = split " ", $line;
$id =~ s/>//;
}else{
$seq .=$line;
}
练习题注意事项总结
- 第一题 ：
id文件转化为数组，先行读文件 => 将追加输出的内容定义为标量（注意追加时"$test .= "$line-"）,这样就很方便将其转化为数组（my @testid = split "-",$test） - 第二题：
可将外部输入参数在脚本中进行操作，注意$sta_end - 第三题：
1.定义计数器；
写入文件行数的计数器，文件到达一定行数后重置计数器，
读取文件行数的计数器，
输出文件个数的计数器，每个输出文件有不同名字
2.脚本中定义了 与输入文件名相关的输出文件名
#截取代码命名的一部分：
sub cut_seqcount{
my $filena =shift;
my $filename=$filena.$b;
open OUT,">$filename" or die $!;
3.不同文件定义了相同文件句柄的巧妙应用，只要上一个打开文件关闭，文件句柄定义的变量就失效了，即：并非一个脚本中只能有不同文件句柄的名字
数据下载
使用OSS浏览器下载 ==> 用filezilla（选择sttp）传到服务器上
Teamviewer？
LncRNA质控流程
大致流程：小部分比对 ==> 过滤数据(去低质量，接头，N) ==> 全局比对 ==> 未比对上的分析来源 ==> 出质控报告