文献阅读-DNA芯片分析人类脐带血骨髓间质干细胞的差异表达

Differential Gene Expression Profiling of Human Umbilical Cord Blood–Derived Mesenchymal Stem Cells by DNA Microarray
影响因子：5.03

背景

骨髓间质干细胞是高度增值，黏附的成纤维细胞，会表达出很多细胞表面的marker。不仅能self-renew，还能分化成很多组织，如肌肉，骨，软骨，神经，肝组织等。但是对他们的本质，活体功能，发展器官了解尚少，特别是定义干细胞核心成分的分子仍有待发掘。
自我更新是干细胞最基础的成分，转录因子如Oct3/4, Stat3等。最近DNA芯片分析用来发掘表达基因，被称为stemness genes或者干细胞分析signature。尽管很多研究在基因水平上提供framework来定义MSC，但是管家基因阻止了MSC特异基因的遗传研究。

结果与结论：

1 芯片实验的可重复性和敏感性

对两组芯片数据（重复），20289个探针，进行了相关性分析，结果发现相关性大于0.98，说明这次测序是可以重复的。矫正到5以上的探针在1.5-fold以内，但是当矫正到1时，这种covariance就迅速消失了，因此，矫正强度到1以上才能保证数据的准确性。

2 基因之间和捐赠者之间比较基因表达模式

MNC细胞中，捐赠者1和2的相关系数大于0.95。比较MNC和MSC两种细胞之间，相关系数变得很低（0.54，0.59）。在差异表达基因中，作者重点关注一组在MSC中高表达，但是在MNC中几乎不能被检测到的基因，因为这一部分基因可以作为MSC的molecular signature。

将MSC-to-MNC ratio作为标准，筛选大于50的基因，得到如下表。

将这些基因聚类，他嫌他们能聚在一起，再次证明了他们内部的表达模式。星号是MSC和MNC差异表达的基因。作者对这些基因都是什么，有什么功能进入深入的讨论

3 用RT-PCR证明基因表达

表达量TOP10的基因用RT-PCR进行验证，结果表明很多在MSC中高表达的基因，在MNC中低表达。这与芯片数据一致。

4 比较芯片数据和已经发表的SAGE数据

作者将他们的芯片数据和已知SAGE数据进行整合，一共得到7898个基因，这两个数据集的相关系数为0.46，但这张图仍表现出有意义的协方差，相关性虽然弱，但是不是随机相关的。在intensity score排序后，最高50个基因被筛选出来，这些基因在SAGE数据集中也有很高的表达频率

接下来作者又对这些基因的功能进行详述，这里就不过多摘抄了。