基因家族分析六(绘制转录本结构图)

一：准备文件

1.拟南芥转录本id
2.拟南芥gtf文件(不是gff)
3.绘图工具：Gene Structure Display Server 2.0

二.gff文件获取gtf文件

$gffread ../Ensembl_TAIR/Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gff3 -T -o Arabidopsis_thaliana.TAIR10.41.gtf

可以看出，gtf文件最后一列和gff文件有区别，更加简洁，我们最后一列的transcript_id和后面的编号。有的gff文件转成gtf文件时，会像下面这样第9列中间多了一个transcript来提醒我们是转录本，这不是我们需要的，在提取转录本信息的时候需要去掉。

并且我们不需要最后一行的gene_id及其后面的类容。所以要去掉。

$cat nbs_gtf.txt |sed 's/gene_id ".*";//g' >new_nbs_gtf.txt

最后得到类似下面的文件拿来绘图

三：到GSDS中绘图

选择gtf/gff3格式，导入文件

结果

当然还可以自己修改美化，最后下载报存为pdf到AI中修改。

美化结果

四：加载其他信息绘图

这个软件也可以加载其他信息绘图，比如nwk格式的进化树文件

还可以加入类似motif的类型