2020-09-29 TOOLs:高通量测序数据下载之aspera和SRA Toolkit

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高通量数据库的数据，下载方法有三种：

1. 常规下载(wget,迅雷、IDM)
2. aspera
3. SRA Toolkit 的prefetch
   wget下载数据速度很慢，比较容易断。
   wget -c 下载地址
   保持断点下载

下载数据库

优先选择 快速下载fq格式的数据，EBI数据库下载。
从EBI数据库直接获取到aspera的下载代码，复制到本地服务器，可以直接运行。

cd ~/wes_cancer/project/1.raw_fq
ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:vol1/fastq/SRR318/008/SRR3182418/SRR3182418_2.fastq.gz . 
ascp -QT -l 300m -P33001 -i $HOME/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh [email protected]:vol1/fastq/SRR318/003/SRR3182423/SRR3182423_1.fastq.gz . 

注意：上述是apera的下载格式，最后面的.代表保存的路径是本目录，一定不能省略，不然会报错。
网络有时候会提示SSH或者UDP错误，可能是服务器的33001端口没有开，打开这个端口即可。
不推荐 下载原始的SRA格式，NCBI数据库
在NCBI数据库会获取到Accession List里面是SRR的列表。
使用prefetch下载，因为ascp下载NCBI的数据时，会报ssh或udp错误。

##单行手动下载
prefetch SRR3182423

##批量自动化下载
cat SRR_Acc_List.txt | while read id
do
    prefetch ${id} -O  ./
done

数据格式

SRA数据格式，是NCBI数据库的格式，我们下载之后，需要自己手动转换成fq格式。
SRA的数据是每一个SRR数据，是一个文件夹。

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作者：wo_monic
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