10.19 library下载安装 shell循环脚本练习 plink转换vcf文件格式

今天在mac上安装 bcftools，mac上什么都没有。

先下三个lib

brew下载前两个成功，第三个找不到。

在我准备放弃的时候，我用了brew install HTSlib，然后就自动下载了。。。。。

没有手动安装，但是找到了压缩包下载后安装的教程：

https://jingyan.baidu.com/article/02027811617b971bcd9ce541.html

整个过程就是没什么brew什么。

m4重新安装也没用，绝望了，先放在这里。

autotools的安装： autoheader    autoconf  ./configure  make

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使用bcftools合并vcf文件

for id in $(seq 279 338)

do

    file="SRR2917${id} (Reads, Variants).vcf"

    if [ -f "$file" ]; then

    #bigzip

     bgzip-c -f -@ 10 SRR2917${id}\ \(Reads\,\ Variants\).vcf > ./zipout/SRR2917${id}.vcf.gz

    echo "*****SRR2917${id}.zip done*****"

    #index 

     bcftools index-t ./zipout/SRR2917${id}.vcf.gz

fi

done

对于bcftools merge语句使用：

merge的输入文件，我们把所有文件名放在一个文本文件中，并把文本文件命名给字符串使用，并且需要把换行符改成空格：

ls *.vcf.gz > name.txt

names=$(cat name.txt)

name=$(echo $names|tr '\n' '\t')

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plink将vcf文件转化成bed bim fam文件：https://www.jianshu.com/p/dc82fcbe3cda

plink --vcf merge.vcf --allow-extra-chr --maf 0.05 --recode --vcf-idspace-to . --vcf-half-call 'missing' --out merge

allow-extra-chr 是因为染色体分的有问题  

vcf-idspace-to .  是因为sampleID中有空格

vcf-half-call命令解释

plink -file merge --maf 0.05 --allow-extra-chr --make-bed --out merge