2020.11.10丨BSA基础知识及产品介绍

• 产品介绍
  • BSA产品介绍
    • 1.1研究目的
      • 基因定位
    • 1.2基本概念
      • Bulked Segregant Analysis，分离群体分组分析法
      • 定义：
        • 在性状分离的遗传群体中 ，选择表型极端差异个体将其DNA等量混合，分别构建DNA混池，与性状 相关SNP的等位位点频率在混池间表现出显著差异， 而非相关SNP的等位位点频率无明显差异，从而可以 通过比较混池间SNP得到候选区间。
      • 原理：等位基因频率差异
    • 1.3技术流程
      • 选择合适亲本构建遗传群体 
      • 调查表型，选取极端表型的个体构建DNA混池 
      • 对端混池及亲本进行高通量测序，鉴别多态性标记，进行关联分析
      • 结合物种的参考基因组序列，对定位区间基因做功能注释
    • 1.4性状选择
      • 突变性状
        • 自然突变：在大田、苗圃中发现的突变个体 
        • 人工诱变：利用化学和物理方式诱变得到突变个体
      • 质量性状
        • 根据子代的分离比推断性状属性 
          • 单基因：F2，3：1 两基因：F2，15：1 
      • 有主效位点的数量性状
    • 1.5混池大小
      • 大小：建议30+30以上； 
      • 数量性状：单个混池占群体规模的15%以下 
      • 质量性状：随机选
      • 性状选择一定要极端； 混池规模尽量大；
    • 1.6 BSA取样
      • 取样时期
        • ➢ BSR：在前期研究基础上，取样时期在目的基因表达时期和部位。 
        • ➢ WG-BSA、SLAF-BSA取样时期：幼嫩组织。 
      • 混池选择 
        • ➢ 建议两个混池都取样，尤其突变性状。 
      • 亲本取样 
        • ➢ 建议亲本取样。信息分析时，亲本首先比对到参考基因组，分析两个亲本间的SNPs，然后 在混池中对这些SNPs进行分型，可以有效的提高SNPs的准确性。有亲本BSA分析会使用ED 和ΔSNP-Index两种方法进行分析，最后去两种结果的交集，提高定位准确度。
    • 1.7 DNA-BSA中特例——MutMap
      • 前提条件：EMS诱导的点突变，突变性状为隐形性状 
      • 群体构建：野生亲本和突变亲本杂交构建的分离群体 
      • 送样：1个野生型亲本+1个突变表型子代混池
    • 1.8 关联算法
      • —SNP-index
        • 以母本碱基类型频率为分母，混池检测为分子，隐性池-显性池
        • 混池间的基因型频率差异
        • 必须有2个亲本，且2个亲本与混池性状关系对应 SNP-index= ρ（隐性）/(ρ（显性）+ρ（隐性）) ΔSNP-index= SNP-index（隐性池）- SNP-index（显性 池）
      • 欧氏距离ED法
        • 计算欧式距离（空间几何距离）
      • 对于有双亲的BSA分析，百迈客使用SNP-index、ED两种算法同时计算，然后取两 种方法的交集区间。
    • 1.9 BSA和遗传图的区别
      • 表格
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