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ChIP-seq基本分析流程

前年在中科院做培训时，整理了一套ChIP-seq分析流程，截选实战部分，略作修改，分享出来，希望大家指正。

那次培训内容比较杂，还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用, 前面已经分享过，链接如下：

  • UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)

  • ICGC数据库使用

  • TCGA数据库在线使用

下面步入正题，这套流程从ChIP-实验、测序注意事项、测序深度，到分析整体流程，再到每一步如序列比对，富集效率评估、热图、峰图可视化，deeptools2使用、peak calling和motif分析等。

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