表观遗传--CUT&Tag

最近CUT&Tag技术逐步发展起来了，我也趁此机会学习一下。

首先

学习CUT&Tag一定离不开这篇文章：CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells，文章详述了CUT&Tag的实验方案、详细结果，以及和其他两个技术的ChIP-seq、CUT&RUN的结果比较，文末附有大神的解读链接。

nature comm，2019

CUT&Tag概述

CUT&Tag（Cleavage Under Targets and Tagmentation, CUT&Tag）是一种研究蛋白质与DNA互作的新方法。该方法通过分子生物学手段将高活性的Tn5转座酶与Protein A融合，并装载建库接头引物形成pA-Tn5转座复合物。在抗体的引导下该pA-Tn5转座复合物可靶向切割目的蛋白附近的DNA序列。与传统ChIP-Seq相比，该技术无需交联与超声打断操作，规避了其所引起的抗原决定簇遮盖和样本损失问题，提高了信噪比，并使所需细胞量减少（可低至60个）。与CUT&Run相比，该技术在pA-Tn5转座复合物进行切割时在切割片段的两端加上接头序列，可直接PCR建库，无需末端抹平和接头连接的操作，省时高效。

实验流程

细胞预处理，结合一抗，结合二抗，结合PA-Tn5，片段化后DNA提取，PCR扩增及后处理。

来源腾讯课堂

分析流程

分析部分几乎和ChIP-seq一致，只要call到了peak后边的分析想咋做咋做。

技术优势

关于技术优势不得不放两张图，前文提到的NC文献里的两张经典清晰明了的图。

Nature comm，2019

通过这两张图，立马能自己总结出的优势：1、相同测序数据量下CUT&Tag信噪比很高，不需要像ChIP-seq一样做input了；2、信号值比CUT&RUN稍高一些，更别说和ChIP-seq比了，自行看图；其次通过前边的实验流程可发现的优势：3、实验材料无需交联，建库时间短；另外，4、实验材料适用量少，适用于珍稀样本。唯一不好的地方在于：目前价格可能比ChIP-seq稍贵一丢丢，植物组织样本的处理不太成熟。

学习资源来源网络，侵删。

参考学习：

1、解读CUT&Tag

2、ChIP-seq和CUT&Tag技术

3、CUT&Tag 技术解析和应用

Kaya-Okur, H.S., Wu, S.J., Codomo, C.A. et al. CUT&Tag for efficient epigenomic profiling of small samples and single cells. Nat Commun 10, 1930 (2019). https://doi.org/10.1038/s41467-019-09982-5