苏云金芽胞杆菌毒力因子挖掘管道BtToxin_Digger

  目前已发表的用于挖掘Bt毒力因子基因的软件有两个：一个是本课题组发表于2012年的网页版工具BtToxin_Scanner，该工具使用简单，主要用于挖掘Cry蛋白编码基因，也可以为Cry和Vip蛋白编码基因的挖掘提供一定的线索。如果仅有少数的基因组需要分析，该工具较为适合；另一款工具是2019年发表的CryProcessor，该工具有网页版和离线版，基于python3.7开发，仅用于挖掘Cry蛋白编码基因，目前网页已经不可访问了。笔者通过其官方文档了解，其使用略微繁琐，即若要实现批量分析，用户需要有一定的编程基础，且其输出结果没有进行很好的整合，显得基因组之间是各自为战。

  笔者常年进行大批量Bt毒力因子的挖掘，由于没有一款好用的工具，常常耗费大量的时间去分析序列和结构域，为了减少自身和同行的痛苦，特别开发了一款新的管道“BtToxin_Digger”。该管道包含网页版和本地版，本地版为大批量基因组分析而设计，接受多种数据为输入（Short reads & Long reads，Assembled genomes，CDSs，Protein sequences），运行过程完全自动化，输出结果丰富，包括基因比对信息，结构域信息和各种序列等，可以直接拷贝至Excel中，还可以生成Strain vs. toxins的矩阵表等。该管道可以在多种平台使用，通过conda一键安装，用户可以根据我们提供的示例照葫芦画瓢运行自己的命令，不需要编程基础。详情请见Github：https://github.com/BMBGenomics/BtToxin_Digger。

引用:

https://dx.doi.org/10.1101/2020.05.26.114520

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