TBtools | 保守 Motifs 到底属于哪个结构域

写在前面

TBtools 基本涵盖了基因家族分析所常见的所有分析与可视化功能，其中最为独特的 莫过于 Gene Structure View (Advanced)

几乎覆盖了基因motifs，exon-intron结构，保守结构域的所有可视化需求。

但是，在实际数据分析过程中，往往还可能存在另外的问题。

左图为Motifs，右图为保守结构域，那么问题来了。

哪些 motifs 对应哪些结构域*？

Emmm... 我相信，这是一个不少人感兴趣的问题，但是，如何更好地去查看两者的Overlap，却似乎市面上没有可用工具。
但，事实上，JIGplot 使得用户完全可以实现这一功能。

得到上述图片

如实，还是原来的文件：

1. 进化树文本
2. motifs信息
3. 重命名信息，可选项
4. 结构域信息，了解 TBtools 的，应该清楚 Simple Biosequence View 的输入文件格式

为了更方便演示，去除 Fill in Gradient Mode

调整 Motifs Panel

于是看到元件信息

将高度 Height 调整为原来的一半，

增加当前 Height 的一半值到 StartY，【注：即下移高度的一半】

于是得到

调整 Domain Panel

类似的操作，不过最后一步上移高度的一半

移动 Domain Panel

Emmm...键盘摁住Ctrl，鼠标拖拽，保证平移【注：也可以直接通过Edit Panel，设置两个Panel有相同的 StartX，从而合并】

于是，合并完成

进一步微调，可得到

这张图，感觉还是不错，起码说明了一些问题：

1. Motifs 就是 Motifs，并不全是 Domains 的部分，反之亦然
2. Domain，保守结构域 ，本身就是保守，所以必然是覆盖了一些Motifs或者Motifs的部分
3. Domain 预测不到，或者 Domain 不完整，不代表不存在，可能只是算法敏感度的问题【注：这也是为什么基于结构域的挖掘，常常会漏掉一些成员】
4. 即使没有专门的 Domains，成员也可能有保守的 Motifs，而这些 Motifs，本身或许是未知 Domains。

总的来说，筛选成员，要全面且准确，多个信息综合看必不可少。

写在最后

工具，总归还是要知道其用法的人才能用得顺畅。
简而言之，

知其道，用其妙！