科研工具流1——Zotero管理文献

概述

本人真的是个强迫症。做一件事之前，总要清楚其基本原理和流程。下面介绍一下Zotero，管理文献，真的非常重要！

浏览器：Safari 13.1
系统：macOS Catalina 10.15.4
移动端： iPad/iPhone

一、Zotero？

1.1 初步熟悉Zotero

英文好的可直接阅读官网Zotero的快速指南

1. items：item_type(conference, journal etc.) 、metadata、Attachments
2. Metadata：titles、authors、publisher、data、page numbers etc.
3. Attachments：notes、files、links&snapshots etc.

Zotero的软件内容放在~/Zotero中，pdf等attachments的文件默认放在~/Zotero/storage，pdf的items等metadata和attachments中的notes默认通过Zotero官方unlimited server进行同步，所以不用担心。

1.2 需求分析

• 需求一：廉价地在多设备之间的同步备份。

  1. 把容量最大的pdf相关attachments存放在icloud上，本地Zotero的storage建立软链接到iCloud的pdf相关attachments，以此来对attachments进行备份。（好处是，只要一个apple id，就能在任意的设备安装Zotero来访问pdf。坏处是，每次都需要在本地设备同步一下iCloud上的pdf)
  2. 额外弄了一个坚果云以webDAV服务进行额外备份，其实可有可无，胜在方便，参见坚果云官方配置说明

• 需求二：把Mac等pdf文献发送到iPad或iPhone进行阅读或批注

  1. 先从iCloud上将pdf文献同步到Mac上
  2. Mac上通过Zotero插件ZotFile将相关文献Send to Tablet
  3. 在iPad或iPhone的PDF Expert中阅读或批注
  4. Mac上通过Zotero将批注过的文献 Get from Tablet
  5. 自动同步回iCloud

• 需求三：添加关于文献items完整的metadata

  1. 各大科研网站、各类搜索引擎、各种权威数据库获取Bibtex、DOI导入
  2. 拖动PDF文件导入（这样需要配置搜索完整Metadata的方式？）
  3. Safari Zotero Connector一键添加
  4. 确保metadata的完整性：ISBN、DOI、PMID = Crossref = ZoteroBib $\approx$ 根据PDF文件对metadata抓取 $>$ Zotero Connector

• 需求四：添加关于文献items免费、便捷的pdf文件（无校园网访问权威数据库，无科学上网、付费pdf）

  1. Zotero Connector保存item后，自动检查Unpaywall（整合了Open Access的数据库）上是否有可供下载的免费pdf，如果有，创建文献item的metadata时就会自动下载pdf
  2. 如果是只有metadata的文献item，则要右击item进行Find available PDF，这是会调用Zotero中的PDF解析器(resolvers)去Unpaywall寻找pdf。
  3. 因此，只要改动PDF resolver，就能指定它去伟大免费的Sci-hub寻找免费的pdf了（终极配置是shortdoi插件找文献item的DOI，方便在Sci-hub中下载pdf)

• 需求五：Zotero中有完整的文献item的metadata以及pdf，需要查看关于它们的额外信息（文献的引用量、文献期刊影响因子、文献之间的相关性Connected Paper

  1. 配置搜索引擎在iJournal上搜索期刊影响因子、自引率、分区、国人占比等关于文献所投期刊的具体信息
  2. 配置搜索引擎在Crossref、Semantic Scholar上查询文献引用量
  3. 配置搜索引擎在Connected Paper上查询可视化文献影响力
  4. 搜索引擎的配置只需要修改~/Zotero/locate/engines.json

• 需求六： 如何利用插件更好提高Zotero的利用效率？

  1. 插件教程网址：https://www.zotero.org/support/plugins

  2. 推荐插件如下：

  3. 插件所解决的需求

     • [Zutilo]用于快捷键的设置，见仁见智
     • [Better BibTeX]用于与Latex的交互，引用文献更方便
     • [ZoteroQuickLook]按住空格，预览pdf
     • [Zotero DOI Manager] 右键文献，找到对应的DOI，方便搜索引擎进一步搜索文献相关信息如引用量等
     • [Zotero Scholar Citations] [Zotero Citation Counts]把文献引用量标记在Extra字段
     • [ZotFile]1. 重命名、移动或attach PDF到item 2. 用于Mac端与移动端iPad的阅读/批注同步 （超级重要！！！）
     • [Markdown Here]用Markdown在Zotero notes写笔记

• 需求七：阅读文献时，需要写notes记录，打tag管理，Saved Search灵活分类搜索

  1. 写notes需要配置插件Markdown Here，希望用markdown写notes
  2. 打tag时主要用“_”进行分类，还能进行快捷键与颜色的快速设置，管理可用Zutilo插件
  3. 灵活分类在My-Library右键点击Saved Search可对自己感兴趣的文献，创建一个分类的文件夹（Saved Search筛选条件异常灵活！）

• 需求八：灵活便捷批量导出文献相关内容：bibtex相关的.bib文件和有序的pdf文件

  1. 只需要Better Bibtex集体批量导出.bib文件就好了，接着根据期刊和会议给的具体模版写latex就好了（具体导出设置在插件Better Bibtex中）
  2. 如果需要特殊的引用格式导出，可把styles即.csl格式的文件加到~/Zotero/styles下即可
  3. Zotero的导出功能完全可以胜任，默认使用ZotFile插件统一Rename pdf文件即可.

• 特殊需求：Zotero Connector的抓取有问题怎么办？

  1. 需要修改Zotero中的translators，修改方式是添加或修改其中的.js文件
  2. 相关中文translator的js文件在这里Zotero中文小组，支持Chrome和Firefox
  3. 可惜Safari的Zotero Connector一直有点问题。

二、添加文献(create items)

常用的权威数据库访问：
https://www.semanticscholar.org
https://scholar.google.com
https://dblp.uni-trier.de
https://sci-hub.scihubtw.tw

建议从权威数据库中导入最好的bibtex格式的文件。

2.1 从权威数据库上以BibTex格式添加文献

1. 从计算机国外的权威数据库dblp上搜索一篇论文CoinDICE: Off-Policy Confidence Interval Estimation
   
2. 点击BibTex并对其复制到剪切板Clipboard，然后进入Zotero-File-Import from Clipboard，创建了一个item。右键item，点击找对应的PDF
3. 如果成功找到的话，就大功告成了，这样的item，因为bibtex，其metadata都非常完整：
   

2.2 从浏览器上以Zotero Connector的方式添加文献

1. 假如用bing直接搜索CoRL的一篇论文A Divergence Minimization Perspective on Imitation Learning Methods，得到一个pdf的网站http://proceedings.mlr.press/v100/ghasemipour20a/ghasemipour20a.pdf，点击Connector的图标
2. 这样得到的item及其attachment PDF，但可惜的是metadata并不完整的，比如说就没有publisher CoRL的信息了。这种方式一般要从正规的会议文章渠道进行点击

3. 比如NIPS的期刊网站：https://papers.nips.cc，从这里点进去找的paper.pdf文件，再进行点击

2.3 从Zotero上以文件标识符的方式添加文献

标识符：

• DOI：Digital Object Identifier，标识数字资源，格式：(统一前缀/学会标识.信息资源类型
• ISBNs：International Standard Book Number 书籍标识
• arxiv IDs：archive 论文预印本网站
• PMIDs：PubMed Unique Identifier 生物医学等领域的文献编号
• ISSNs : 国际标准刊物的刊号，可精准定义期刊

输入论文Title找DOI的网站：
首选：https://search.crossref.org
zoterobib：https://zbib.org
找DOI重要的网站：

1. Elsevier（sciencedirect)：
2. IEEE Xplore：https://ieeexplore.ieee.org/Xplore/home.jsp
3. PubMed : https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov
4. 科研社交网：www.researchgate.net
5. Nature ： www.nature.com

三、文献工作流

每次使用Zotero，先从iCloud上更新到PC端

• 面对组会或同学发来的pdf：

  1. Retrieve Metadata from PDF
  2. 若信息不完整，则在dblp或google scholar上以BibTex的形式创建Item
  3. 或直接在dblp上搜索Paper Title，以Bibtex方式导入
  4. 导入后打tag : ‘_group_session’ 和 论文topic的tag
  5. 在Zotero上用markdown写notes，然后渲染
  6. 用Connected Paper看paper相关的可视化图，查Citations，作者的Google Scholars，Paper所属期刊影响力等

• 自己调研

  1. 从一篇文献开始，Connected Paper查看Similar Paper
  2. 对每一篇paper，以章节二的方式添加文献
  3. 阅读做notes、打tag、定期打开Saved Search整理
  4. 分成精读、泛读，将精读的通过ZotFile，Send To Tablet在iPad上进行批注、阅读，然后总结在Zotero的notes上

• 实时跟踪最新文献与学界消息

  1. Zotero中利用RSS订阅器，研究领域内的研究机构、研究人员、牛p的实验室、一些AI社区的推送
  2. 用移动端的Researcher App 绑定Zotero 进行tag

• 合作或准备投会议

  1. Zotero开一个Group（查看操作），协作者在这个Group上添加相关文献以及notes，打tag(intro, background, related work, method, experiments），完善item的metadata等
  2. 命名好Citation Key完善好metadata后， 从中导出.bib文件到Overleaf上协同写作
  3. 完善后，将Zotero Group变成一个Conference Collection，然后删掉Group

参考资料

微信公众号：青柠学术