DICOM预处理函数计算之路

自从阿里云推出函数计算（FC）以来，一直期待着能用Java语言实现FC，今年早些时候发现已经放出了Java FC的实现，这样我们的DICOM预处理就可以做成函数了。这周终于空闲下来，决定来踩坑。

按照阿里云Java教程很容易写了一个DemoFC，不过在用fcli发布函数的时候该教程的命令是不太对的，mkf 命令应该使用参数 -f YourPackage.jar 来指定要上传的jar包。完整的命令如下：

 mkf demo-java -t java8 -h com.lifeccp.fc.dcmpp.DemoFC::handleRequest -f fc-dcmpp-1.0.0.jar

接下来就开始将dcm4che引入项目了。

首先遇到的第一个坑是maven不能下载dcm4che。

Java and Let's Encrypt Certificates

DCM4CHE自己有一个maven repository，启用了HTTPS，并且使用的是Let's Encrypt的证书（全世界码农的选择都一样）。JDK8U101之前的版本没有装入Let's Encrypt的根证书，导致maven下载依赖包的时候出错：

Failed to collect dependencies at org.dcm4che:dcm4che-core:jar:5.14.0: Failed to read artifact descriptor for org.dcm4che:dcm4che-core:jar:5.14.0: Could not transfer artifact org.dcm4che:dcm4che-core:pom:5.14.0 from/to www.dcm4che.org (https://www.dcm4che.org/maven2/): sun.security.validator.ValidatorException: PKIX path building failed: sun.security.provider.certpath.SunCertPathBuilderException: unable to find valid certification path to requested target

最简单的解决办法：升级JDK到8U101以后版本。

参考这篇blog： https://www.compose.com/articles/compose-notes-java-and-lets-encrypt-certificates/

OpenCV

Java底下一直没有很好的JPEGLS/JPEG2K支持，之前dcm4che用的是一个很久不更新的jai_imageio(版本1.2-pre-dr-b04，对，一直停留在pre-b04版本号上)，而且底层还依赖clipwrap的jni，这个native依赖常常让预处理器崩溃。dcm4che 5.0以后引入了OpenCV这个强大的图像库来提供图像IO，我们在生产环境上升级dcm4che 5.0以后，处理JPG编码的DICOM没有再奔溃了。不过OpenCV还是native依赖的，不知道阿里云的FC环境是否能够支持呢？

先试试再说，加上opencv依赖：

            org.dcm4che

            dcm4che-imageio-opencv

            5.14.0

    

构建过程中并没有自动包native包拉进来，还得将需要的native包依赖上才行。虽然构建后发现已经将libopencv_java-3.4.0-dcmR3-linux-x86-64.so 拷贝到lib了，但还是找不到opencv_java的本地依赖包。上面的方法拷贝的.so文件名并不是OpenCV core去加载的文件名，还得把名称改成libopencv_java.so (在mac则是libopencv_java.jnilib）才行。使用maven-dependenciey-plugin:copy 来完成。

                org.apache.maven.plugins

                maven-dependency-plugin

                3.1.1

               

                   

                        copy-dependencies

                        prepare-package

                       

                            copy-dependencies

                       

                       

                            ${project.build.directory}/classes/lib

                            runtime

                       

                   

                   

                   

                        copy

                        prepare-package

                       

                            copy

                       

                       

                           

                               

                                    org.weasis.thirdparty.org.opencv

                                    libopencv_java

                                    so

                                    ${weasis.opencv.native.version}

                                    linux-x86-64                                    ${project.build.directory}/classes/lib

                                    libopencv_java.so

                               

                           

                       

                   

                   

                   

                        copy-mac

                        process-test-classes

                       

                            copy

                       

                       

                           

                               

                                    org.weasis.thirdparty.org.opencv

                                    libopencv_java

                                    jnilib

                                    ${weasis.opencv.native.version}

                                    macosx-x86-64

                                    ${project.build.directory}/test-classes/lib

                                    libopencv_java.jnilib

                               

                           

                       

                   

               

           

同时需要配置maven-surefire-plugin ，加上-Djava.library.path=./target/test-classes/lib:./target/classes/lib，不然test的时候还是找不到本地依赖，mvn -Djava.library.path=./target/test-classes/lib  指定都不管用，因为test启动的是另外的vm。

 

           

                org.apache.maven.plugins

                maven-surefire-plugin

                2.22.0

               

                    -Djava.library.path=./target/test-classes/lib:./target/classes/lib

               

           

接下来就是激动人心的上FC真实环境测试了。按照上面pom的配置，libopencv_java.so 拷贝到lib目录并且打包到jar以后，vm能够成功加载native包。FC上的Java runtime：

user.dir:/code

java.library.path:/code/:/code//lib:/usr/java/packages/lib/amd64:/usr/lib/x86_64-linux-gnu/jni:/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/x86_64-linux-gnu:/usr/lib/jni:/lib:/usr/lib

>fcli shell

Welcome to the function compute world. Have fun!

>>> cd deidentifier

>>> ls

dcminfo

demo-java

>>> invk dcminfo -s samples/CT1_J2KR

loading native library:opencv_java...

native library loaded.

samples/CT1_J2KR 512x512px

color model:ColorModel: #pixelBits = 8 numComponents = 1 color space = java.awt.color.ICC_ColorSpace@12ab536b transparency = 1 has alpha = false isAlphaPre = false

Job done!