连锁不平衡分数回归 LD score regression -LDSC

什么是LD score?

SNP j的LD score可以被定义为该SNP与一定范围内其他SNP的r2之和。 LD score 衡量了该SNP标记的遗传变异性的大小。

为什么要做 LD score regression？

在GWAS研究中，多基因性（polygenicity，即若干较小的基因效应）和干扰因素引起的偏差（如隐性关联 cryptic relatedness，群体分层population stratification等）都会造成检验的统计量的分布偏高（inflated）。但我们并不能分辨偏高的统计量到底是来自多基因性还是干扰因素，所以通过LD score regression，我们可以通过研究检验统计量与连锁不平衡（linkage disequilibrium）之间的关系来定量分析每部分的影响。

LDscore的原理？

GWAS检验中，对一个SNP效应量的估计通常也会包含与该SNP成LD的其他SNP的效应，也就是说一个与其他SNP成高LD的SNP，通常也会有更高的卡方检验量。

什么是LD score regression？
连锁不平衡分数回归 LD score regression -LDSC - 知乎 (zhihu.com)

通过对单个表型的GWAS分析结果进行连锁不平衡回归分析，可以鉴定是否存在混淆因素，同时估计遗传力的大小；对于多个不同表型的GWAS分析结果进行分析，则可以计算表型间的遗传相似度。

通过ldsc这款软件，可以方便地进行LDSC分析，源代码保存在github上，网址如下

https://github.com/bulik/ldsc