单细胞测序（sc-RNA seq）分析：Seurat4.0系列教程、高级分析、文章复现

时代的洪流奔涌而至，单细胞技术也从旧时王谢堂前燕，飞入寻常百姓家。雪崩的时候，没有一片雪花是无辜的，你我也从素不相识，到被一起卷入单细胞天地。R语言和Seurat已以势如破竹之势进入4.0时代，天问一号探测器已进入火星乌托邦平原了，你还不会单细胞吗？那么为了不被时代抛弃的太远，跟着我们一起通过学习seurat系列教程入门单细胞吧。
首先我们学习经典的标准流程，这个教程小编当初入门时候曾经花1000购买过，也曾花6000购买过，不同的单细胞培训班，买的是一样的教程。现在免费送给你，别说话，开始学吧！

Seurat4.0系列教程1：标准流程 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程2：多模式数据联合分析 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程3：合并两个样品的10x数据集 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程4：整合分析 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程5：交互技巧 - (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程6：常用命令 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程7：数据可视化方法 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程8：细胞周期评分和回归分析 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程9：差异表达检测 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程10：降维 - (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程11：使用sctransform - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程12：大数据集整合的方法 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程13：使用互惠 PCA （RPCA） 快速整合数据 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程14：整合scRNA-seq and scATAC-seq数据 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程15：映射和注释查询数据集 - (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程16：多模式参考映射注释细胞 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程17：Mixscape - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程18：Weighted Nearest Neighbor Analysis（WNN)） - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程19：多线程并行策略 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程20：单细胞对象的格式转换 - (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程21： 结合Cell Hashing分析双细胞 - (jianshu.com)
Seurat4.0系列教程22：空间转录组的分析、可视化与整合 - (jianshu.com)

Seurat4.0系列教程告一段落，但这决不是终点。这个系列教程只是给大家打开一扇窗，知道Seurat4.0有这些功能可用，少走弯路，起到一个抛转引玉的作用，后续还要自己深入研究。不要像我当初入门单细胞之时，为了找到整合方法耗费大量时间及不必要的金钱。君子生非异也，善假于物也。学，然后知不足。加油吧！少年！用好单细胞测序及分析这个技术，为人类健康研究做出自己的贡献！不足之处，恳请批评指正！------以此纪念粉丝突破1000。

细胞通讯分析

CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析 - (jianshu.com)
CellChat 三部曲2：使用CellChat 对多个数据集细胞通讯进行比较分析 - (jianshu.com)
CellChat 三部曲3：具有不同细胞类型成分的多个数据集的细胞通讯比较分析 - (jianshu.com)

转录因子分析

RNA速率分析

RNAvelocity系列教程1：RNA速率简介及scVelo安装 - (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程2：使用 Seurat 和 scVelo 估计 RNA 速率 - (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程3：使用Seurat和velocyto估算RNA速率 - (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程4：velocyto.R的使用教程 - (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程5：scVelo 的基本知识 - (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程6：# scVelo用于RNA 速率基本流程 - (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程7：# scVelo实战-胰腺数据集 - (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程8：# scVelo实战-齿状回数据集 - (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程9：# scVelo应用-动力学模型 - (jianshu.com)
RNAvelocity系列教程10：# scVelo应用-微分动力学 - (jianshu.com)

其他高级分析教程

使用fgsea进行单细胞转录组GSEA富集分析 - (jianshu.com)
Seurat24节气之21大雪---vars.to.regress = "percent.mt"排除线粒体基因 - (jianshu.com)
Seurat24节气之2雨水---resolution参数 - (jianshu.com)
单细胞转录组基础分析五：细胞再聚类 - (jianshu.com)

单细胞CNS文章复现

单细胞测序文章图表复现01—读入文件的表达矩阵构建Seurat对象 - (jianshu.com)
单细胞测序文章图表复现02—Seurat标准流程之聚类分群 - (jianshu.com)
单细胞测序文章图表复现03—区分免疫细胞和肿瘤细胞 - (jianshu.com)
单细胞测序文章图表复现04—聚类分群的resolution参数问题 - (jianshu.com)

CNS图表复现11—RNA-seq数据可不只是表达量矩阵结果 - (jianshu.com)